x[tips，]中的r错误:不正确的尺寸数

Question

我有一张来自三维模型形状分析的Pro壳坐标表。我将数据集简化为前10列的坐标；实际数据表中有213列坐标。

> table
                     V2           V3         V4          V5          V6         V7          V8          V9        V10         V11
ZF_1-2_MCA  -0.11729989 -0.007414411 0.04796147 -0.11369870 -0.02162879 0.04368074 -0.11078641 -0.03099347 0.03429351 -0.10957045
CM_MCA      -0.09751743  0.002636377 0.05329538 -0.09225709 -0.01366208 0.04885578 -0.08766362 -0.02705151 0.03623264 -0.08611709
McG_MCA     -0.10568420 -0.001580294 0.05121677 -0.11160321 -0.02146946 0.04529592 -0.11638602 -0.03359730 0.03200932 -0.11966146
FR-5_MCA    -0.08724930 -0.004697084 0.06544431 -0.09398249 -0.02745482 0.05295470 -0.09963358 -0.04310317 0.03419766 -0.10472636
VS_MCA      -0.08501951 -0.009980739 0.04646973 -0.08341840 -0.03356989 0.03536958 -0.08682687 -0.04914396 0.01880115 -0.09337424
p12_MCA     -0.11108448 -0.005535405 0.02829126 -0.10942936 -0.01807344 0.02311581 -0.10875525 -0.02613395 0.01434359 -0.10887946
PE_MCA      -0.08839262  0.001058080 0.05815368 -0.08645855 -0.01712989 0.05200591 -0.08750906 -0.03150924 0.04118683 -0.09082429
HGN_MCA     -0.11196640 -0.004789709 0.05680164 -0.11191664 -0.01980991 0.04895458 -0.11187914 -0.02944595 0.03732340 -0.11166266
SP-5_MCA    -0.10900994  0.000010200 0.04009365 -0.10901557 -0.01422714 0.03609224 -0.11093003 -0.02471116 0.02897352 -0.11390505
NeM_1-2_MCA -0.09786814  0.004310618 0.07448896 -0.10902664 -0.02236152 0.06831984 -0.12283099 -0.04654299 0.04958811 -0.12704721
WN-3_MCA    -0.10088474 -0.001611016 0.05684335 -0.10359814 -0.02212326 0.05120036 -0.10638614 -0.03585422 0.04040904 -0.10794333
AIJ_MCA     -0.09909852  0.000849000 0.04575036 -0.10102173 -0.01626784 0.03898051 -0.10387869 -0.02855804 0.03008275 -0.10703389
GoD_MCA     -0.09986131  0.000498000 0.04508524 -0.09756908 -0.01823467 0.04039427 -0.09674259 -0.03295781 0.03271970 -0.09712355
TN_MCA      -0.10975100 -0.005714795 0.03865324 -0.10873629 -0.01830583 0.03378409 -0.10929496 -0.02737490 0.02527304 -0.11036554
p49_MCA_1   -0.09170672 -0.004816696 0.04631250 -0.09873852 -0.02439218 0.04288983 -0.10913437 -0.03936764 0.03365113 -0.11881931

我试图使用Rphylip包对我的数据集进行系统发育分析。坐标是连续变量，所以我在插入表后尝试运行Rcontml。

> library(Rphylip)
> table<-read.table("procrustes_D_phylip.txt", row.name=1)

包的文档表明，表只需要将物种‘作为行名。默认为V#列标签。所以这张桌子似乎布置得很好。但是，当我尝试运行Rcontml时，我会得到以下错误：

> Rcontml(table)
Error in x[tips, ] : incorrect number of dimensions

我尝试在论坛中搜索一个维度数不正确的错误，但是没有任何特定于x[tips, ]的内容。我对R比较陌生，这个包对我和我的PI来说也是新的，所以我想了解一下这个错误。

提前谢谢。

Answer 1

在这里的评论中找到解决方案之后，总结如下：

使用read.table导入数据将返回一个data.frame。

根据文档 for Rcontml，允许输入以下内容：

(a)包含物种名称的连续值性状矩阵(列)；或(b)每一行包含物种位点等位基因相对频率的矩阵列表。在后一种情况下，列表中每个矩阵的行名应该包含物种名称。

将data.frame转换为matrix解决了这个问题。