HPC节点R在HPC节点上安装/采购最新R版本

Question

我正在尝试使用高性能集群在本地目录上设置最新版本的R，因此当我提交作业时，我可以找到正确的库，以便分配的节点将使用最新的R版本。

在HPC中，我的本地/垃圾桶驱动器确实有最新版本的R。

然而，在作业提交和节点分配的指导下，我们应该使用RVersion3.3.2(不是最新版本)来提供一个setup.bash脚本。

我查看了setup.bash文件，并对创建一个本地版本来设置R库的导出感兴趣，这样就可以用最新的R版本来设置节点。

case $PATH in
*/usr/usc/R/3.3.2/bin*)
    ;;
*)  PATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin:$PATH
    ;;
esac

case "${LD_LIBRARY_PATH:-}" in
 */usr/usc/R/3.3.2/lib64/R/lib*)
     ;;
  *)  LD_LIBRARY_PATH=/usr/usc/R/3.3.2/lib6/R/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH}
    ;;
esac

if [ -n "${MANPATH:-}" ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/share/man:$MANPATH
elif [ -x /usr/bin/manpath ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man:$(manpath)
else
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man
fi
export LD_LIBRARY_PATH MANPATH

setup.bsh脚本将R二进制别名设置为$PATH、$LD_LIBRARY_PATH和$MANPATH。

我能否在我的本地目录上模仿这个方法，并设置一个节点来代替在HPC下使用更高版本的R？

我不确定这是否会导致权限问题。

我已经在我的本地HPC目录上编译了特定的R版本，并将提供它，但我的问题是，在HPC上是否允许这样做？~

Answer 1

在您获得安装脚本后，只需重写设置即可。只是要确保

export PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

然后，只需运行你的R

$WHERE_YOUR_R_IS/bin/R

它应该做点什么。

至于：

“我已经在我的本地HPC目录上编译了特定的R版本，并将提供该版本，但我的问题是，在HPC上是否允许这样做？”

如果您可以从HPC的所有节点访问您的目录，我在这里看不到任何问题。为什么要禁止呢？试试看。