链式数组PBS作业

Question

我试图使用PBS高性能计算机作业调度程序链接两个计算作业。我的脚本如下：

名为1.pbs的脚本

 #!/bin/bash
 #PBS -N 1
 #PBS -q thin
 #PBS -l walltime=0:03:00
 #PBS -l select=1:ncpus=1
 #PBS -j oe
 #PBS -J 1-10

 cd $PBS_O_WORKDIR
 echo 'SCRIPT 1'
 qsub -W depend=afterok:${PBS_ARRAY_ID} 2.pbs

名为2.pbs的脚本：

 #!/bin/bash
 #PBS -N 2
 #PBS -q thin
 #PBS -l walltime=0:03:00
 #PBS -l select=1:ncpus=1
 #PBS -j oe

 cd $PBS_O_WORKDIR
 echo 'SCRIPT 2'

因为脚本 1.pbs 是一个数组(运行脚本的10个副本)，当数组完成脚本2.pbs也将运行10个副本(在数组作业期间每个提交的1.pbs都有一个拷贝)。

我的问题是:如何设置这两个脚本，使脚本1.pbs作为数组正常运行，那么在所有数组作业完成脚本2 jobs 只运行一次之后。

Answer 1

一种方法:让1.pbs触摸/tmp/中的信号量文件，作为执行qsub的条件。

Answer 2

不要从第一个作业的内部运行"qsub -W依赖“。

像这样运行：

my1job=qsub 1.pbs qsub -W depend=afterok:$my1job 2.pb