在r gtsummary::tbl_summary中计算总观测值的百分比？

Question

问题:在gtsummary中，tbl_summary函数计算总的非缺失观测值中的列百分比。我希望gtsummary从丢失和未丢失的观察值总数中计算百分比。

来自http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/gallery.html的gtsummary表库的示例

trial[c("trt", "age", "grade")] %>%
  tbl_summary(
    by = trt, 
    missing = "no",
    statistic = all_continuous() ~ "{median} ({p25}, {p75}) [N = {N_nonmiss}]"
  ) %>%
  modify_header(stat_by = md("**{level}**<br>N =  {n} ({style_percent(p)}%)")) %>%
  add_n() %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(starts_with("stat_") ~ "**Chemotherapy Treatment**")

等级没有遗漏观察，因此药物A组中35名1级疾病患者为35/98 (36%)。

现在，将3级重新编码为缺失：

trial$grade[trial$grade %in% "III"] <- NA
trial$grade <- droplevels(trial$grade)

重新运行tbl_summary

trial[c("trt", "age", "grade")] %>%
  tbl_summary(
    by = trt, 
    missing = "no",
    statistic = all_continuous() ~ "{median} ({p25}, {p75}) [N = {N_nonmiss}]"
  ) %>%
  modify_header(stat_by = md("**{level}**<br>N =  {n} ({style_percent(p)}%)")) %>%
  add_n() %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(starts_with("stat_") ~ "**Chemotherapy Treatment**")

1级现在表示为67个(52%)非丢失obs中的35个。药物A组。我仍然希望将百分比表示为98人的36%。在gtsummary中有什么方法可以做到这一点吗

Answer 1

我认为获得所需内容的最好方法是使用forcats::fct_explicit_na()函数将缺少的值显式表示为NA。当NA值是一个因子的水平时，它将被包括在百分比计算的分母中。

library(gtsummary)
library(tidyverse)


trial %>%
  select(response, trt) %>%
  # make missing value explicit for categorical variables, using fct_explicit_na
  mutate(response = factor(response) %>% fct_explicit_na()) %>%
  # summarize data
  tbl_summary(by = trt)

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这个解决方案对你有效吗？