用DiagrammeR绘制图形网络

Question

我想要创建一个简单的图片图：

library(igraph)
mydata <- data.table(from=c("John", "John", "Jim"),to=c("John", "Jim", "Jack"))
mygraph <- graph_from_data_frame(d=mydata, directed=T)
plot(mygraph, vertex.label.dist=2)

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​

用diagrammeR

library(DiagrammeR)
mygraph2 <- from_igraph(mygraph)
grViz(mygraph2)

产生此错误

File.exists(关系图)中的错误:无效的“文件”参数

我也试过

grViz(readLines(mygraph2)) 

以及其他组合或命令plot()，但我找不到合适的方法。

我该怎么做呢？

为了直接在DiagrammeR上得到相同的结果，我打开了一个新的问题，不使用without：

How to create a network graph with DiagrammeR?

Answer 1

好像有几件事在发生。

library(igraph)
library(DiagrammeR)

mydata <- data.table(from=c("John", "John", "Jim"),to=c("John", "Jim", "Jack"))
mygraph <- graph_from_data_frame(d=mydata, directed=TRUE)

下面的代码引发一个警告

mygraph2 <- from_igraph(mygraph)

警告消息: 1:在data.frame中(from=as.integer(i图形：：ends(igraph，i图形：：e(iGraph)[，：NAs通过强制方式引入)

如果您查看mygraph2，就会发现没有节点或边缘信息，而且它没有呈现：render_graph(mygraph2)。但是警告信息丰富，因为它指向代码行( as.integer(ends(mygraph, E(mygraph), names=TRUE))：可能我们想要names=FALSE)，所以尝试删除名称，但是设置标签

V(mygraph)$label = V(mygraph)$name
V(mygraph)$name = factor(V(mygraph)$name, levels=as.character(V(mygraph)$name))

没有警告和呈现

mygraph2 <- from_igraph(mygraph)
render_graph(mygraph2)

如果您想查看dot代码，您可以使用generate_dot，然后将它传递给grViz，但是，这就是render_graph正在做的事情。

grViz(generate_dot(mygraph2))

Answer 2

在您的过程中有两个问题。

第一个是在命令from_igraph中。我不确定，也许是包中的一个bug，也许是我的设置出了问题，但是我不能用它来获得想要的结果。以下内容在我的机器上工作。

mygraph3 <- from_adj_matrix(as.matrix(get.adjacency(mygraph)), mode = "directed")

然后你需要render_graph或者类似的东西来得到你的图，grViz是图的字符串表示，而不是图本身。

render_graph(mygraph3)