R:使用.h5包从R读取rdhf5文件时出错

Question

我是hdf5文件的新手。试图从下面的URL读取一些示例文件。https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/

当尝试在R环境中读取.h5文件时

library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_sofloat.h5")

我得到了以下错误

H5Fopen中的错误(文件，"H5F_ACC_RDONLY")：HDF5。文件可访问性无法打开文件。

我们很感激你的帮助。

Answer 1

windows本身存在一些问题，windows是在使用默认参数下载hdf5文件的同时加密它的。下载时将模式更改为“wb”。

file_url <- "http://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/h5ex_d_sofloat.h5"
library(rhdf5)
download.file(url = file_url,destfile = "h5ex_d_sofloat.binary.h5",mode = "wb")
h5ls("h5ex_d_sofloat.binary.h5")


>   group name       otype dclass     dim
0     /  DS1 H5I_DATASET  FLOAT 64 x 32

我从生物管道本身得到了这个溶液..。https://support.bioconductor.org/p/97311/#97362