如何从Rcpp代码中的R包创建S4类的实例

Question

我正在尝试从Rcpp代码中创建一个sparseMatrix的实例。

我理解，为了创建S4对象，我们使用所需类的名称作为字符串调用S4构造函数，例如：

S4 foo() {
    S4 s("dgCMatrix");
    return s;
}

但在我的例子中

Error in getClass("dgCMatrix") : “dgCMatrix” is not a defined class

我想这是因为矩阵包还没有加载吧？我试过添加

// [[Rcpp::depends(Matrix)]]

以及包描述中对矩阵的导入和LinkingTo指令，但我仍然得到相同的错误。如何从Rcpp内部的R类创建实例？

更新:在coatless‘answer之后，如果要加载矩阵，则需要在命名空间中导入类：

//' @importClassesFrom Matrix dgCMatrix
// [[Rcpp::export]]
S4 foo() {
    S4 s("dgCMatrix");
    return s;
}

如果您使用Roxygen2来管理名称空间，就会处理它。

Answer 1

您正在运行的问题是尚未加载Matrix包。因此，当Rcpp搜索dgCMatrix ctor时，它会变为空，从而触发您看到的错误。为了解决这个问题，您可以在每个会话开始时只加载一次Matrix库。例如：

library("Matrix")
sourceCpp("path/to/S4_declaration.cpp")

或者，您可以在正在执行的sourceCpp编译中添加一个负载调用。这有点极端，因为您只需要加载一次库。

尽管如此，以下内容应该始终在sourceCpp()下工作

#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::S4 make_dgCMatrix() {
  Rcpp::S4 s("dgCMatrix");
  return s;
}


/*** R
library("Matrix")
make_dgCMatrix()
*/

将其移到R包中时，请确保将Matrix包导入到DESCRIPTION中

Imports:
    Matrix

并在dgCMatrix中导入NAMESPACE定义。

importClassesFrom(Matrix, dgCMatrix)