更改Numpy和Nibabel中的数据类型

Question

我正在尝试使用Nibabel将numpy数组转换为Nifti文件格式。我的一些Numpy数组有dtype('<i8')，当Nibabel调用数据类型时，它应该是dtype('uint8')。

arr.get_data_dtype()

有人知道如何转换和保存Numpy数组的数据类型吗？

Answer 1

标题问题与案文中的问题略有不同。所以..。

如果要将numpy数组arr的数据类型更改为np.int8，则需要查找arr.astype(np.int8)。

请注意，由于数据转换，您可能会丢失精度(请参阅错误类型文档)

为了以后保存它，您可能希望看到?np.save和?np.savetxt (或者检查库pickle，以保存比numpy数组更多的普通对象)。

如果要更改保存在my_image.nii.gz中的nifti映像的数据类型，则必须选择：

import nibabel as nib
import numpy as np

image = nib.load('my_image.nii.gz')

# to be extra sure of not overwriting data:
new_data = np.copy(image.get_data())
hd = image.header

# in case you want to remove nan:
new_data = np.nan_to_num(new_data)

# update data type:
new_dtype = np.int8  # for example to cast to int8.
new_data = new_data.astype(new_dtype)
image.set_data_dtype(new_dtype)

# if nifty1
if hd['sizeof_hdr'] == 348:
    new_image = nib.Nifti1Image(new_data, image.affine, header=hd)
# if nifty2
elif hd['sizeof_hdr'] == 540:
    new_image = nib.Nifti2Image(new_data, image.affine, header=hd)
else:
    raise IOError('Input image header problem')

nib.save(new_image, 'my_image_new_datatype.nii.gz')

最后，如果您有一个numpy数组my_arr，并且希望将它保存到具有给定数据类型np.my_dtype的nifti映像中，那么您可以这样做：

import nibabel as nib
import numpy as np

new_image = nib.Nifti1Image(my_arr, np.eye(4))
new_image.set_data_dtype(np.my_dtype)

nib.save(new_image, 'my_arr.nii.gz')

希望能帮上忙！

注意:如果您正在使用ITKsnap，您可能希望使用np.float32、np.float64、np.uint16、np.uint8、np.int16、np.int8。其他选择可能无法生成可以使用此软件打开的图像。

Answer 2

似乎你也可以

import nibabel

img = nibabel.load(filename)
img.set_data_dtype(dtype)
img.to_filename(new_filename)

Answer 3

你可以用尼尔学来解决问题。下面是一个示例，如果您想将nifti图像的数据类型更改为int16：

from nilearn import image
import numpy as np

vol = image.load_img(input_file)
vol = image.new_img_like(vol, np.int16(vol.get_fdata()))
vol.to_filename(output_file)