R:以图像为标签的圆圈和弦图？

Question

是否可以将图像放置在circlize chordDiagram的标签所在的位置？

例如，我手动将大陆的SVG轮廓放在标签上。我想知道是否有一种可编程的方法来实现这一目标。

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下面是一个我希望能够添加图像标签的入门示例。请注意，在circlize站点上有一个示例，它似乎执行了i 想要的操作。

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但我不能把它和这个例子结合起来：

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)
chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5)

Answer 1

在您的示例中，您需要在圆圈之外创建一个空轨道，然后返回到这个空轨道以添加光栅图像。

在下面的示例中，使用preAllocateTracks参数来定义应该放置多少空轨道。有关此论点的更多解释，请参阅：book/book/advanced-usage-of-chorddiagram.html#organization-of-tracks

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)

library(png)
tmp = tempfile()
download.file("https://www.google.de/images/branding/googlelogo/1x/googlelogo_color_272x92dp.png", tmp)
image = as.raster(readPNG(tmp))
ratio = ncol(image)/nrow(image)

chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5,
    preAllocateTracks = 1)

circos.track(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
    xcenter = get.cell.meta.data("xcenter")
    ycenter = get.cell.meta.data("ycenter")

    pos = circlize:::polar2Cartesian(circlize(xcenter, ycenter))

    rasterImage(image, 
        xleft = pos[1, 1] - 0.05*ratio,
        ybottom = pos[1, 2] - 0.05,
        xright = pos[1, 1] + 0.05*ratio,
        ytop = pos[1, 2]+ 0.05)
}, bg.border = NA)

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由于rasterImage()有一个允许旋转图像的angle参数，但旋转相对于图像的左下角，而不是图像的中心，因此旋转图像也是可能的，但不容易让它们面对圆周的中心。

编辑:我在包中添加了一个新的函数circos.raster() (版本>= 0.4.1)，这使得添加光栅图像更容易。