R光栅覆盖函数. landsat堆栈的误差

Question

在R中，我遇到了一个不寻常的问题，我们试图用另一层的值填充多云像素。我可以让它和堆栈一起工作，如下所示-

library(raster)
r1 <- raster(ncols=36, nrows=18)
r1[] <- 1:ncell(r1)
r1b <- r1a <- r1
r1_stack <- stack(r1, r1a, r1b)

r2 <- setValues(r1, runif(ncell(r1)))
r2b <- r2a <- r2
r_stack <- stack(r2, r2a, r2b)

r_stack[r_stack < 0.5] <- NA

r3 <- cover(r_stack, r1_stack)

但是我试着用光栅堆栈做同样的事情，我得到了错误：

Error in as.character(x) : 
 cannot coerce type 'closure' to vector of type 'character'

守则：

# get all tifs
LS5_032_032_2008_09_21 <- list.files("LT050340302008090301T1-SC20170526100900/", 
                                     pattern = glob2rx("*band*.tif$"), full.names = T) 


# stack bands
cloudy_scene <- stack(LS5_032_032_2008_09_21)
# import cloud mask
cloud_mask <- raster('LT050340302008090301T1-SC20170526100900/LT05_L1TP_034030_20080903_20160905_01_T1_sr_cloud_qa.tif')

# mask data 
masked_data <- mask(cloudy_scene, mask = cloud_mask, maskvalue=0, inverse=TRUE)

####### get cloud free data
# get files
LS5_2008_09_19 <- list.files("LT050340302008091901T1-SC20170526101124/", 
                             pattern = glob2rx("*band*.tif$"), full.names = T) 

# subset and stack cloud free bands
cloud_free_data <- stack(LS5_2008_09_19)

# use cover function to assign NA pixels to corresponding pixels in other scene
cover <- cover(masked_data, cloud_free_data)

TRACEBACK()输出：

9: toupper(format)
8: .defaultExtension(format)
7: .getExtension(filename, filetype)
6: .local(x, filename, ...)
5: writeStart(outRaster, filename = filename, format = format, datatype = datatype, 
       overwrite = overwrite)
4: writeStart(outRaster, filename = filename, format = format, datatype = datatype, 
       overwrite = overwrite)
3: .local(x, y, ...)
2: cover(masked_data, cloud_free_data)
1: cover(masked_data, cloud_free_data)

更新:我试着重采样数据--仍然不能工作。

cloud_free_resam <- resample(cloud_free_data, masked_data)
cover <- cover(masked_data, cloud_free_resam)

错误：

Error in as.character(x) : 
  cannot coerce type 'closure' to vector of type 'character'

我还试图在两层进行裁剪--相同的错误。

# find intersection boundary
crop_extent <- intersect(extent(cloud_free_data), extent(masked_data))
cloud_free_data <- crop(cloud_free_data, crop_extent)
masked_data <- crop(masked_data, crop_extent)

# use cover function to assign NA pixels to corresponding pixels in other scene
cover <- cover(masked_data, cloud_free_data)

获取数据：(警告:317 to下载-解包到~1gb) https://ndownloader.figshare.com/files/8561230

有什么想法会导致这个特定数据集的错误吗？我肯定我们错过了一些非常基本的but...what？提前谢谢你。

莉亚

Answer 1

这是个窃听器。覆盖两个多层的栅格*对象不能写入磁盘。在简单的示例中，可以通过设置

rasterOptions(todisk=TRUE)

我已经修正了第2-6.1版(即将出版)

Answer 2

我认为这与将对象转换为rasterBrick和写入临时文件的光栅有关。即，masked_data <- mask(cloudy_scene, mask = cloud_mask)

使用Spacedman的裁剪创建了一个“内存中”的rasterBrick对象，这些对象不依赖于访问文件；在这种情况下，该示例没有错误。

但是使用整个范围(或在进程结束时裁剪)，光栅写入和访问(临时)文件，就会发生错误。

作为一个临时修复，可能是显式地将图像分割成内存大小的块，屏蔽/覆盖，然后用mosaic重新标记。

这两个对象的范围也略有不同，因此应该加以修正。另外，通过显式地设置带名、max值和值<0到NA也是避免问题的好主意。