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HTCondor与OpenFOAM
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Stack Overflow用户
提问于 2017-05-22 15:15:40
回答 1查看 165关注 0票数 1

我正试图在OpenFOAM中从HTCondor开始一些计算。到目前为止,我们只准备了一个多核服务器OpenFOAM。OpenFOAM是根据https://openfoam.org/download/4-1-source/中的说明从源代码(不使用停靠器)安装的。

问题:当我在HTCondor中提交作业时,它被正确启动(我看到生成了结果文件),但是输出文件没有复制回提交的机器(在HTCondor上)。

这是我的工作档案:

代码语言:javascript
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Universe = vanilla
Executable = openfoamtest.sh

process_name = openfoamtest
input = /dev/null
requirements = ( (OpSys == "LINUX") && (Machine == "master") )

output = $(process_name).job.$(Process).out 
error = $(process_name).job.$(Process).err 
log = $(process_name).job.log

should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_executable = true

Queue 1

openfoamtest.sh:

代码语言:javascript
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#!/bin/bash
# Import the OpenFOAM environment
source /etc/bashrc
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin/
source /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-4.1/etc/bashrc

cd /tmp/openfoam/pitzDaily
blockMesh
simpleFoam
zip pitzDaily.zip *

请注意,我使用一个condorworker用户来启动进程,而不是使用任何人。提交文件是由windows计算机编写的。谢谢。

EN

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2017-05-23 12:28:10

解决了。问题是我剧本里的"cd“。这将当前工作目录移动到另一个文件夹,HTCondor不知道这个文件夹。解决办法是在开头添加:

代码语言:javascript
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# This is the folder where Condor starts
CURRENT_FOLDER=$PWD

最后:

代码语言:javascript
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# Copy back the generated file to Condor's execute folder.
cp pitzDaily.zip $CURRENT_FOLDER
票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/44116552

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