我想向ggsurvplot添加工具提示。我正在使用ggiraph来显示这个情节。由于ggiraph没有geom_step_interactive,所以我正在操作ggsurvplot的数据输出,以获得step函数值,并使用geom_line_interactive在ggsurv图上覆盖一行并添加工具提示。下面是正确工作的代码:
library(ggiraph)
library(survminer)
library(survival)
#Function to get the step function points
step_func <- function(data, direction="hv", x , y) {
direction <- match.arg(direction, c("hv", "vh"))
data <- as.data.frame(data)[order(data[, x]), ]
n <- nrow(data)
if (n <= 1) {
# Need at least one observation
return(data[0, , drop = FALSE])
}
if (direction == "vh") {
xs <- rep(1:n, each = 2)[-2*n]
ys <- c(1, rep(2:n, each = 2))
} else {
ys <- rep(1:n, each = 2)[-2*n]
xs <- c(1, rep(2:n, each = 2))
}
return(data.frame(
x = data[,x][xs],
y = data[,y][ys],
data[xs, setdiff(names(data), c(x, y))]
))
}
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung )
g <- ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = TRUE,
risk.table.pos= "out", risk.table.y.text = TRUE)
dat1 <- plyr::ddply(g$plot$data, "strata", step_func, "hv", "time", "surv")
dat1$tooltip <- paste0("Time:", dat1$x)
gg<- g$plot+geom_line_interactive(data = dat1, aes(x= x, y=y, colour = strata, tooltip= tooltip ), size = .75)
ggiraph(code = print(gg))使用上面的代码,我得到了下面的附图和工具提示,如图像中所示:

我希望工具提示不仅显示时间,而且显示生存概率,因为我将代码稍微修改如下:
dat1$tooltip <- paste0("Time:", dat1$x, "Surv:", dat1$y )
这将导致工具提示消失。
我做错了什么?
发布于 2017-05-17 07:50:24
似乎当geom_line_interactive工具提示太长时就会消失。您可以截断值结果以使其简短。以下工作:
dat1$tooltip <- paste0("Time:", dat1$x, " Surv:", round(dat1$y,2) )但是将值设置为3会使它们消失。我不能完全确定这一点,因为工具提示是,非常微妙的,而且似乎只有当鼠标处于正确的位置时才出现。这可能是因为它们在一定长度内都被抑制了。
不过,我确实注意到,如果使用geom_point_interactive而不是geom_line_interactve,并且使用更大的size参数值,则整个工具提示的工作效果要好得多。这可能就是你想要做的。
可能是geom_line_interactive忽略了size参数。
这个图使用的是geom_point_interactive,上面的round参数设置为3,size设置为1.75,它的工作性能要好得多。

https://stackoverflow.com/questions/44017293
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