设置七度热图2(g图)

Question

我试图在我的热图中增加行和列之间的间隔宽度。我使用分隔宽度，但是当我试图增加间隔宽度时，它不会向右移动列或行。

下面是一个例子

library(gplots)
mat = matrix( rnorm(100), ncol=5 )
colorside = gray(1:5/5)
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11)
col = redgreen(10)

# And now the heatmap
heatmap.2( mat, 
           key=FALSE, 
           trace="none",
           ColSideColors=colorside,
           cexRow=0.6,
           breaks=bk1,
           col=col,
           sepwidth=c(0.4,0.4),
           sepcolor="purple",
           colsep=1:ncol(mat),
           rowsep=1:nrow(mat))

谢谢你的帮助。

Answer 1

我不确定我完全明白你想要什么。无论如何，我的猜测是，您希望在第一列之前和第一行之上添加空间。

sepwidth定义列和行之间的空间大小，并根据向量colsep和rowsep中的值应用该空间。在您的示例中，您必须在colsep和rowsep的定义中更早地启动一个单元，如下所示：

setseed(8765) ## added for reproducibility

# Your code
library(gplots)
mat = matrix( rnorm(100), ncol=5 )
colorside = gray(1:5/5)
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11)
col = redgreen(10)

## First call to get "hm1"
hm1 <- heatmap.2( mat, 
                 key=FALSE, 
                 trace="none",
                 ColSideColors=colorside,
                 cexRow=0.6,
                 breaks=bk1,
                 col=col,
                 sepwidth=c(0.4,0.4),
                 sepcolor="purple",
                 colsep=0:ncol(mat), ## changed
                 rowsep=0:nrow(mat)) ## changed

# Look at lwid and define a new one to use
hm1$layout$lwid
# [1] 1.5 4.0
my_lwid <- c(1.0, 4.5)

## call with altered lwid
hm2 <- heatmap.2( mat, 
                  key=FALSE, 
                  trace="none",
                  ColSideColors=colorside,
                  cexRow=0.6,
                  breaks=bk1,
                  col=col,
                  sepwidth=c(0.4,0.4),
                  sepcolor="purple",
                  lwid = my_lwid,     ## added
                  colsep=0:ncol(mat),
                  rowsep=0:nrow(mat)) 
hm2$layout$lwid

拜托，让我知道这是不是你想要的。