Rosalind: REVP失败了

Question

我为这个挑战写了一个解决方案。它成功地处理了给定的示例案例，但没有处理实际案例。

挑战:如果DNA字符串与其反向补码相等，则为反向回文。例如，GCATGC是一个反向回文，因为它的反向补码是GCATGC。例如：

5.GCATGC.3‘ 3‘，CGTACG.5’

给予：

FASTA格式的长度最多为1 kbp的DNA串。

返回：

字符串中每个反向回文的位置和长度，长度在4到12之间。您可以以任何顺序返回这些对。

样本数据集

Rosalind_24 TCAATGCATGCGGGTCTATATGCAT

样本输出

4 6 5 4 6 6 7 4 17 4 18 4 20 6 21 4

对于样本来说，它是有效的。然而，它在实际样本上失败了。

实际数据集：

>Rosalind_7901 ATATAGTCGGCTGTCCAGGCAATCGCGAGATGGGGAACGACATCTTGGTACTTTACGGAT GCCAAGACTTAATATCTGGCCCGGATATGACCGCGAGCACCCCCTACTCGTCTGTCGGTT TCGGCCGGCATGACCTGTCCTCTTGATAATAGATATAAGTTGCCAACCGCACTATTTCAA GATCAGATGCCCCAAGGCACAAGGCACAGAAGAATCAGGTACTGAGCAAACAGCGCCCAT TTGTCAGCGCAACTCCGAGCGACAGGCACAAGTGGTAGTAACATCTGTAGTCTACGAGCG CGGGACCGATGTAAAAAGCAACGAGAGACGGGGCCGTCGATAGAAAAGCAATGGAGTCCA TATGGGCACGCTGAGCGTGCCTGTACTAATTTCTATGGGCTACTGGCACTAGGGGCTTAA GCCCTCGGTTACCGCGCTTTATGAATATAGTTTTCGTGCCAGGAGTGTCTTGTTTCGAGG AAGCGTGAGCTACACTTAGCACGTCCGGGCTTATTGGAAATTTGTTCAGTCTGTATGCTC CGCAATATCATGTCGGCGCTCATTCAATGTTGCGTGTAATTTAGACCTCTACTACAGCTG GGGTTGGAGCGGTCGGTAGTAAGACGTATGATTACGGTTTACATCCCGCCGGCGGACACG GAACGTGATTTTCAGCATTGTCCCATCGTAGGGATTGGGGCCCTAGTAGGTGTGGGTAGC ACGTTACATGAAGCTATCCAATGGCGTATATACTCCATCCCATCGGACTAGAAGATTTGA GGGACCCAGTCATAACTGGTGCAAAATTACGTTACAAAAGCCGAGGATACAGTATA

实际产出：

1 4 2 4 23 6 24 4 48 4 70 4 73 4 79 4 82 4 86 4 93 4 124 6 125 4 126 6 127 4 131 4 155 4 156 4 184 4 222 4 236 4 251 4 337 4 342 4 389 4 394 4 415 4 423 4 440 4 441 4 452 4 453 4 482 4 496 4 509 4 513 4 526 6 527 4 554 4 558 4 565 4 587 4 604 6 605 4 634 4 656 10 657 8 658 6 659 4 674 4 709 6 710 4 714 4 733 4 739 4 744 4 758 8 759 4 759 6 760 4 761 4 780 4 813 4 818 4 822 4 846 4

代码：

from string import maketrans
table=maketrans('ATCG','TAGC')

protein=open('rosalind_revp.txt','r').read()[14::].strip()

for i in range(len(protein)):
    for ii in range(2,7):
        if protein[i:i+ii]==protein[i+2*ii-1:i+ii-1:-1].translate(table):
            print str(i+1),str(2*ii)

(在测试样本时，第4行是

protein=open('rosalind_revp.txt','r').read()[12::].strip()

我甚至手动匹配了一堆位置长度对，但遗憾的是，它们都工作得很完美。我还是不知道为什么结果不被接受。有人能告诉我我哪里错了吗？

Answer 1

这是我的github链接，它有解决方案，希望它能工作def reverse(l): t="" for i in range(len(l)): if(l[i]=='A'): t=t+'T' elif(l[i]=='T'): t=t+'A' elif(l[i]=='C'): t=t+'G' elif(l[i]=='G'): t=t+'C' return t def rev(d): return d[len(d)::-1] k=input() p=input() for i in range(len(p)): for j in range(4,14): if (p[i:i+j]==rev(reverse(p[i:i+j]))and i+j<=len(p)): print(i+1, end=" ") print(j)

https://github.com/jssssv007/stackexcahnge