将工具提示添加到ggsurv图中时出错

Question

我正在尝试向ggsurvplot添加工具提示。我正在使用ggiraph来显示这个情节。我在下面添加了一个很小的例子来说明我想做的事情。如果我不在ggsurvplot中添加任何xlim，那么我的代码就会正常工作。以下是工作的代码：

library(survminer)
library(survival)
library(ggiraph)

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung )
g <- ggsurvplot(fit, data = lung)   
tooltip <- paste0("Time:", g$plot$data$time, "<br/>", "Survival Prob:", g$plot$data$surv)
x <- g$plot+geom_point_interactive(aes(tooltip = tooltip))
ggiraph(print(x), zoom_max = 5)

现在，我希望限制x轴值，因此我将参数xlim = c(0, 800)添加到ggsurv图中，如下所示：

library(survminer)
library(survival)
library(ggiraph)

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung )
g <- ggsurvplot(fit, data = lung, xlim = c(0,800))  
tooltip <- paste0("Time:", g$plot$data$time, "<br/>", "Survival Prob:", g$plot$data$surv)
x <- g$plot+geom_point_interactive(aes(tooltip = tooltip))
ggiraph(print(x), zoom_max = 5)

这给了我以下错误：

Error: length(ids) == length(str) is not TRUE

如何纠正此错误？

Answer 1

这是ggi相图的一个问题。添加一个xlim会触发裁剪，有些点将不会被绘制，但是工具提示变量没有被裁剪；我将尝试解决这个问题。

解决方法是在将数据发送到geom_point_interactive之前过滤它们：

library(survminer)
library(survival)
library(ggiraph)


fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung )
g <- ggsurvplot(fit, data = lung, xlim = c(0,800))  

data_ <- g$plot$data
data_ <- base::transform(data_, tooltip = sprintf("Time: %.0f<br/>Survival Prob: %.3f", time, surv) )
data_ <- data_[data_$time < 800, ]

x <- g$plot + geom_point_interactive(data = data_, aes(time, surv, tooltip = tooltip))
ggiraph(print(x), zoom_max = 5)