将每个for循环的结果保存为新的数据帧。

Question

这是我的第一篇文章，我对此表示歉意。

我正在尝试用函数RNAseq ()从cBioPortal中提取getProfileData数据。我想用从列表元素生成的参数对列表中的每个元素调用这个函数。我包括了一个库，例如癌症和这个功能可以调用的例子基因。

library(cgdsr)
mycgds = CGDS("http://www.cbioportal.org/")

cancers1 = c("cesc_tcga", "ov_tcga", "ucs_tcga", "ucec_tcga")
genes = c("PTCH1", "PTCH2")

mRNAseqExtractor <- function(){   
  for(i in cancers1){
    i_RNAseq <- paste(i, "_rna_seq_v2_mrna", sep="")        
    i_all <- paste(i, "_all", sep="")        
    getProfileData(mycgds, genes, i_RNAseq, i_all)   } }

mRNAseqExtractor()

基本上，我希望这个循环的每一次迭代都将这个getProfileData(mycgds、hedgehog_genes、i_RNAseq、i_all)的输出保存到一个新的数据框架中。

PS。我正在寻找类似的帖子，但在每次迭代中都找不到生成新的全局数据帧的帖子。

Answer 1

您可以使用lapply返回数据格式的列表。

profiles <- lapply(cancers1, function(i) {
    i_RNAseq <- paste(i, "_rna_seq_v2_mrna", sep="")        
    i_all <- paste(i, "_all", sep="")        
    getProfileData(mycgds, genes, i_RNAseq, i_all)
})

然后，您可以访问以下各个数据帧：

# access first data frame
print(profiles[[1]])