如何将表格转换为ggplot图？

Question

我目前正在重写一篇前段时间有人写的文章，但没有跟上。这篇文章有一个名为“表2:抑郁症状严重程度的中位数和四分位数范围以及基线、干预后和随访6个月和12个月的血清白细胞介素-6和肿瘤坏死因子水平”的表格。

This is the table I'm talking about.

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数据框当前是具有每个主题的值的变量。如il6_baseline，il6_6mon，il6_12mon，il6_after (白细胞介素-6)。肿瘤坏死因子也是如此。这些都是连续变量。

表中的"TCC“和"PDSE”是在此期间接受不同治疗的两个不同组。

但我知道怎么找到中介人之类的。我的问题是，我应该用什么样的图表来直观地说明这些信息呢？如果你能帮我一个基本的语法，我可以从那里开始工作。我是一个R的初学者，我通常可以完成一些事情，但我从来没有太多的图形混乱，现在我有这个障碍在我面前。

感谢您的理解和关注。祝你今天愉快!

用于可视化的子集的dput输出：

structure(list(a02rec = c(2925, 2461, 2887, 4132, 2734, 4176, 
2158, 690, 4287, 2871), ND_IL_6I = c(156.475, 25.393, 5.20696, 
29.448, 636.561, 16.7, 20.83028, 13.04912, 17.28, 30.686), ND_IL6_intermed = c(NA, 
NA, NA, NA, NA, 4.5048, 49.654, 5.1872, 23.8992, NA), IL_6_6mesesultimovalorITT = c(62.163, 
59.278, 45.1272, 19.258, 17.689, 15.864, 16.0992, 22.88964, 14.748, 
21.706), modeloterapia = structure(c(2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 
2L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("pdse", "tcc"), class = "factor")), row.names = c(NA, 
10L), class = "data.frame")

在上面的子集中，"a02rec“变量无关紧要，它只是一个标识符。从"IL_6“和"ND_IL_6”开始的变量是从收集的血清水平开始的变量，而"modeloterapia“变量是关于受试者是否参加了PSDE或TCC治疗模式。正如我在前面的评论中所说的，我想创建一个图表。三个图表，每个组一个(PSDE，TCC和总样本)，并有某种类型的框显示这些时间戳之间的血清水平。

我不确定是用“方框”图形还是“点/点”图形来表示我想要实现的目标。我希望这些图表能显示两个时期(初始/基线、6个月、12个月和治疗后)之间血清水平的变化。

Answer 1

有效使用ggplot2的关键是将数据转换为长格式。

long_data = df %>%
  pivot_longer(matches("IL")) %>%
  separate(name, sep = "_", into = c("drug", "something", "time"))

head(long_data)
# # A tibble: 6 x 6
#   a02rec modeloterapia drug  something time                 value
#    <dbl> <fct>         <chr> <chr>     <chr>                <dbl>
# 1   2925 tcc           ND    IL        6I                   156. 
# 2   2925 tcc           ND    IL6       intermed              NA  
# 3   2925 tcc           IL    6         6mesesultimovalorITT  62.2
# 4   2461 pdse          ND    IL        6I                    25.4
# 5   2461 pdse          ND    IL6       intermed              NA  
# 6   2461 pdse          IL    6         6mesesultimovalorITT  59.3

我对你的数据的一些含义感到困惑，但我已经做出了一些猜测，希望你能纠正。

对于这种格式的数据，绘图相对简单。这里有一个例子(由于数据样本很小，这看起来有点奇怪)。

ggplot(long_data, aes(x = time, y = value, fill = drug)) +
  geom_boxplot() + 
  facet_wrap(vars(modeloterapia), ncol = 1)

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如果需要重新排序x轴，请将x轴上的变量转换为具有所需级别顺序的factor，即as in this answer。