通过源安装rgdal

Question

像这样的问题层出不穷.我发现了不少，但它不能解决我的问题。

这些都是我迄今尝试过的事情。访问CRAN网站cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.html

我们看到，为了建立这个包，我们需要

• GDAL >= 1.6.3，来自trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource和
• PROJ.4 (proj >= 4.4.9)，下载：

此外，我们需要依赖项。

• 依赖:r (≥3.3.0)，方法，sp(≥1.1-0)

但这些已经安装好了。

我们已经安装了系统依赖项，因为

[]$ gdal-config --version
2.1.3
[]$ proj
Rel. 4.4.9, 29 Oct 2004
usage: proj [ -beEfiIlormsStTvVwW [args] ] [ +opts[=arg] ] [ files ]

但是，当我们试图通过

install.packages("rgdal_1.2-5.tar.gz",type = "source",repos = NULL,
configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib'))

configure.args选项来自于rgdal package installation给出的答案

但是我们在安装时仍然会出现错误.这是日志的一部分

    *** installing help indices
      converting help for package ‘rgdal’
        finding HTML links ... done
        CRS-class                               html
        GDALDataset-class                       html
        GDALDriver-class                        html
        GDALMajorObject-class                   html
        GDALRasterBand-class                    html
        GDALReadOnlyDataset-class               html
        GDALReadOnlyDataset-methods             html
        GDALTransientDataset-class              html
        GridsDatums                             html
        RGB2PCT                                 html
        SGDF2PCT                                html
        SpatialGDAL-class                       html
        closeDataset-methods                    html
        displayDataset                          html
        llgrid                                  html
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:11: missing file link ‘Spatial’
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:16: missing file link ‘gridat’
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/llgrid.Rd:17: missing file link ‘gridat’
        make_EPSG                               html
        nor2k                                   html
        projInfo                                html
        project                                 html
        readGDAL                                html
    Rd warning: /tmp/RtmppvlZ6x/R.INSTALL233feb7dc50/rgdal/man/readGDAL.Rd:136: missing file link ‘flipVertical’
        readOGR                                 html
        showWKT                                 html
        spTransform-methods                     html
        wrappers                                html
        writeOGR                                html
    ** building package indices
    ** installing vignettes
    ** testing if installed package can be loaded
    Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
      unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/rgdal/libs/rgdal.so':
      libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
    Error: loading failed
    Execution halted
    ERROR: loading failed
    * removing ‘/usr/lib64/R/library/rgdal’
    Warning message:
    In install.packages("rgdal_1.2-5.tar.gz", type = "source", repos = NULL) :
      installation of package ‘rgdal_1.2-5.tar.gz’ had non-zero exit status

请注意，这里触发的警告显然没有显示停止(正如在https://groups.google.com/forum/#!topic/batchjobs/TvwTbqrWFyU上所说的)，因此系统依赖项(GDAL和PROJ)似乎都满足了.包依赖项(方法、sp)也存在。但是，安装无法定位某些文件。我从堆栈溢出中了解到，您可以向R的install.packages()命令提供某些参数.如上面的代码片段所示。所以我可能没有指定足够的路径..。或者是别的什么东西

最后，给出了gdal和proj在旧edgenode上的位置。

• gdal : /usr/local/lib/libgdal.so.20
• proj : /usr/local/lib/libproj.so.0 11:26:32

你们能告诉我从这里往哪里走吗？

Answer 1

我也面临着同样的问题，在Ubuntu的另一个线程中，答案是rgdal-config给出了两个安装点，这是错误的，所以他卸载了一个。在另一个线程上，解决方案是安装libgdal-dev，因为它们需要从源代码安装。

我在Arch上，所以这些都不是我的答案。

不过，我确实发现，对于libgdal-dev来说，一个AUR包“python”给了我所需的deps，但关键是rgdal的一个可选依赖项(对我来说没有问题)是mariadb。在错误中，您可以看到它与mysql_client18通信失败。

因此，我安装了maria db，sudo pacman -S mariadb，我终于可以安装r-cran-gdal的r-cran-gdal为R -cran-gdal的PKGBUILD不是最新的，但手动编辑PKGBUILD和makepkg -si终于工作。