如何检查Python中的.h5文件

Question

如何查看给定的.h5文件在Python中有哪些变量、数据集等？

我可以通过运行以下命令来读取该文件

import h5py
f = h5py.File(filename, 'r')

现在如何查看我的.h5文件中有哪些变量？

运行f.keys()输出非信息。

KeysView(<HDF5 file filename (mode r)>)

在Matlab中，我只调用h5disp(文件名)，但是想知道如何用Python实现它。

Answer 1

你试过吗？

print(list(f.keys()))

这将为您提供hdf5文件中的所有组。如果f是一个组，则可以对数据集进行同样的操作。

Answer 2

也许是过火了，但我有这个可能对某些人有用：

from __future__ import print_function

def scan_hdf5(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        print(' ' * tabs, g.name)
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                print(' ' * tabs + ' ' * tab_step + ' -', v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)
    with h5.File(path, 'r') as f:
        scan_node(f)

和简单的投入：

>>> scan_hdf5('/tmp/dummy.h5')
/
   - /d1
   /g1
     - /g1/d2
     - /g1/d3
   /g2
     - /g2/d4
     /g2/g3
       - /g2/g3/d5

或者返回更有用的元素的替代版本。

def scan_hdf52(path, recursive=True, tab_step=2):
    def scan_node(g, tabs=0):
        elems = []
        for k, v in g.items():
            if isinstance(v, h5.Dataset):
                elems.append(v.name)
            elif isinstance(v, h5.Group) and recursive:
                elems.append((v.name, scan_node(v, tabs=tabs + tab_step)))
        return elems
    with h5.File(path, 'r') as f:
        return scan_node(f)

有退货：

>>> scan_hdf5_2('/tmp/dummy.h5')
[u'/d1',
 (u'/g1', [u'/g1/d2', u'/g1/d3']),
 (u'/g2', [u'/g2/d4', (u'/g2/g3', [u'/g2/g3/d5'])])]

Answer 3

我在试图找到一种方法来显示h5文件中的每个节点，以便能够提取只具有相应数据集的所需节点时，我遇到了这个问题。

我认为这很简单，但很容易理解(对我来说)片段：

h5 = h5py.File(filename, 'r')
def hierarchy(d):
    for item in d:
        if ' 0 member' in str(d[item]):
            print(d[item].name, ['empty group'])
        if isinstance(d[item], h5py.Group):
            hierarchy(d[item])
        else: #Dataset
            print(d[item].name, ['dataset'])
hierarchy(h5)

因此，我将在GUI应用程序中使用这一点，我将启用只选择“dataset”标记项。