如何在3d文件中的特定位置生成3d ROI球体(python / nilearn)

Question

我的目标是在给定的位置用三维球面掩模掩蔽3D图像。我想提取这个3D掩码中图像的所有值。

我目前正在使用python的nilearn.image.NiftiSpheresMasker函数来实现这一点，方法如下：

central_coordinates=(x,y,z)
masker = NiftiSpheresMasker(central_coordinates, radius=rad)
values=masker.fit_transform(resampled_image) 

但是，这只返回ROI中的平均信号。有没有办法：

• 提取此函数使用的掩码(以便我可以手动获取值)
• 使用另一种方法来实现这个3D ROI。

我已经尝试过使用FSL的fslmaths -kernel，它适用于立方体，而不是球体。

Answer 1

我设法通过使用包nltools中的函数create_sphere来解决这个问题。

请参阅此链接：https://github.com/ljchang/nltools/issues/122