根据其他列更改列值

Question

我有个数据：

chrom position ref var normal_reads1 normal_reads2 normal_var_freq normal_gt tumor_reads1 tumor_reads2 tumor_var_freq tumor_gt somatic_status variant_p_value somatic_p_value
1    2L    13048   A   T            32            23           41.82         W           17            6          26.09        W       Germline    7.507123e-11       0.9437542
2    2L    16467   G   A             0            43          100.00         A            0           24         100.00        A           <NA>    6.674261e-40       1.0000000
3    2L    20682   T   A            32            14           30.43         W           14            6          30.00        W       Germline    1.746726e-07       0.6223244
4    2L    25727   T   G            52            22           29.73         K           16            4          20.00        K       Germline    2.000049e-09       0.8758070
5    2L    25729   A   T            49            23           31.94         W           16            4          20.00        W       Germline    7.938282e-10       0.9092970
6    2L    25741   T   C            45            28           38.36         Y           15            6          28.57        Y       Germline    1.497796e-12       0.8604958

如果somatic_status和tumor_var_freq都是> 90，则我试图将其转换为"ROH“

以下是我尝试过的：

snps <- within(snps, somatic_status[normal_var_freq > 90 & tumor_var_freq > 90] <- 'ROH')

但我知道错误是：

Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, normal_var_freq > 90 & tumor_var_freq >  :
  invalid factor level, NA generated

有人能给我指明正确的方向吗？

Answer 1

在根据逻辑向量(‘factor’)将值赋给'ROH‘之前，我们可以将ROH分配给character class。

i1 <- with(snps, normal_var_freq > 90 & tumor_var_freq > 90)
snps$somatic_status <- as.character(snps$somatic_status)
snps$somatic_status[i1] <- "ROH"

如果不希望在将某些元素更改为新值之前将factor列转换为character，则向该列添加一个新的character

levels(snps$somatic_status) <- c(levels(snps$somatic_status), "ROH")
snps$somatic_status[i1] <- "ROH"

关于within的使用，它是创建新变量或更新旧变量的有用函数，但不建议将值的子集分配给新值。