如何在木星笔记本中用rpy2绘制(内联)？

Question

我正在学习如何在木星笔记本中使用rpy2。我在密谋上遇到麻烦了。当我使用rpy2 文档中的这个示例进行交互工作时：

from rpy2.interactive import process_revents
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.vectors import IntVector
process_revents.start()

graphics = importr("graphics")
graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")

朱庇特用情节打开了一扇新窗户。窗口的“标题”是:r Graphics: Device 2(活动)(没有响应)。我的木星内核很活跃。当我试图用图关闭窗口时，windows声称python.exe没有响应，如果我强制关闭，那么jupyter内核就会重新启动。

第一:如何使rpy2绘图内联？第二:如果不可能进行内联绘图，那么如何在不引起python.exe响应的情况下在窗口中获得绘图？

Answer 1

看来这就是你问题的答案：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/330/ipython-plotting-wrapper

with rpy2.robjects.lib.grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, width=1024, height=896, res=150) as img:
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")
IPython.display.display(IPython.display.Image(data=img.getvalue(), format='png', embed=True))

Answer 2

我认为最干净的解决方案就是简单地使用%R魔术函数。它过去是IPython的一部分，但后来转移到rpy2，所以您必须首先将它作为扩展加载：

%load_ext rpy2.ipython
A = np.random.normal(100)
%R -i A hist(A)

绘制一个柱状图到木星控制台。

Answer 3

这是克里斯蒂安的答案略显诡辩的版本，它将密谋和内联嵌入到同一个上下文管理器中：

from contextlib import contextmanager
from rpy2.robjects.lib import grdevices
from IPython.display import Image, display

@contextmanager
def r_inline_plot(width=600, height=600, dpi=100):

    with grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, 
                                     width=width,
                                     height=height, 
                                     res=dpi) as b:

        yield

    data = b.getvalue()
    display(Image(data=data, format='png', embed=True))

用法：

with r_inline_plot(width=1024, height=896, dpi=150):
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")