使用ggplot2在多个数据列上使用R中的小提琴绘图

Question

我对R很陌生，我试着在每个取样深度上制作各种物种的小提琴图来统计数据。数据如下所示

    Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0

物种在第2-5栏，深度在第一栏。我试图在R中使用ggplot2，但假设数据不是以ggplot2可以使用的方式组织的。理想情况下，我想要的深度是y轴和物种沿着x轴，每个小提琴的情节。谢谢你的帮助。亚历克斯

Answer 1

首先重塑您的数据：

library(tidyverse)

my_dat2 <- my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>% 
  select(-val)

ggplot(my_dat2, aes(species, Depth)) +
  geom_violin()

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请注意，Cl只有一行，因为您只有单一深度。

Answer 2

就像你已经怀疑的，你需要重塑你的数据。使用tidyr::gather将格式从"wide“更改为"long"，这对于在x轴上绘制物种是必要的。此外，您需要扩展您可以使用slice实现的计数数据。

library(tidyverse)

zz <- "Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0"

my_dat <- read.table(text = zz, header = T)

my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>%
  ggplot(aes(species, Depth)) +
  geom_violin(adjust = .5)

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