返回所有可能的DNA组合物

Question

下面的代码给出了所有可能的DNA组合。有没有一种更有效、更清洁的方法来做到这一点？另外，对于任何生物信息学或生物技术程序员，我应该最熟悉哪些模块？

DNA = 'a', 't', 'g', 'c'


lis = []
def all_combos():
    for a in A:
        for t in A:
            for g in A:
                for c in A:  
                    lis.append([a, t, g, c])
    return lis

print(all_combos())

Answer 1

我想我在尝试这个的时候被打败了..。只是为了我的统计。

如果你想要的实际上是所有可能的排列(例如，aaag，aaat，aaag，aaac.)，您可以以这种方式使用迭代工具：

from itertools import product

print(list(product('atgc', repeat=4)))

Answer 2

有一个python函数，用于从列表中生成组合：

itertools.combinations

在这篇文章中，一个人试图列出一个列表的所有组合，每次两个：Python - list the combination pair for a function value。

Answer 3

作为一个学生的练习，你的代码是可读的，做你想做的事。

我想问题是，为什么你需要所有这些组合？除其他外，实用的生物信息学是文件类型和格式的混乱，您可能会遇到一些输入数据，它们使用的是与您正在使用的不同的字母表。

关于模块，我会提到两个通用的用途。剩下的则取决于你想要完成的具体任务。Biopython是更成熟和更广泛的支持，但代码基础是它显示它的年龄。scikit-bio是代码块上的新一代，具有漂亮的、经过充分测试的代码，但功能较少，对晦涩的文件格式的支持也较少。