在r中的一个gggketbarket图中添加多个梯度

Question

目前，我正在创建一个具有多个生物分类群的相对丰富的地理区域。但是，我想根据分类群的“系统发育”来添加多种颜色的梯度，来划分每个“分类群”属于哪个门。本质上，我现在要说的是：

library(ggplot2)
library(scales)
require(reshape2)
require(plyr)

taxdat <- read.table("fig_2.txt", header = TRUE, row.names = 1)

data <- melt(cbind(taxdat, taxa = rownames(taxdat)), id.vars = c('taxa'))

#order factor
data$taxa <- factor(data$taxa, levels=unique(data$taxa))

ggplot(data,aes(x = variable, y = value, fill = taxa)) + 
  geom_bar(position = "fill",stat = "identity") + 
  scale_y_continuous(labels = percent_format()) +
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank(),
        axis.ticks.x=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank())

产生了这个..。

分类学分类

然而，我想根据属于的门对每个分类进行颜色编码，但仍然保留单独的梯度来区分分类群。例如，橙色的“节肢动物”，绿色的“涅玛塔”等。任何帮助将不胜感激。

谢谢，迪恩

这是税收数据，如果你想要的话：

                Abund    Phylogeny
Metazoa            13      Metazoa
Arthropoda          3   Arthropoda
Arachnida           3   Arthropoda
Alicorhagia         3   Arthropoda
Araneae             2   Arthropoda
Harpacticoida       1   Arthropoda
Lepidoptera         6   Arthropoda
Oribatida           4   Arthropoda
Gehypochthonius     1   Arthropoda
Coccinellidae       5   Arthropoda
Salticidae          3   Arthropoda
Liochthonius        3   Arthropoda
Paraphidippus       1   Arthropoda
Paucitubulatina     4 Gastrotricha
Chaetonotidae       1 Gastrotricha
Nematoda           30     Nematoda
Chromadorea         5     Nematoda
Dorylaimida         2     Nematoda
Plectidae           1     Nematoda
Prismatolaimus      2     Nematoda
Alaimus             2     Nematoda
Geomonhystera      10     Nematoda
Mesodorylaimus      1     Nematoda
Prodesmodora        1     Nematoda
Tylocephalus        1     Nematoda
Eutardigrada        1   Tardigrada
Parachela           2   Tardigrada

更新:我已经用系统发育数据修改了分类法元数据，所以如果只是复制和粘贴，上面的代码就不会顺利运行。

Answer 1

我会考虑一下如何最有效地可视化这些数据。颜色的一个问题是，超过一定数量的类别(约8种)，它们作为区分类别的手段变得无效。因此，在你的情况下，他们可以工作门，但不是分类群。另一个考虑因素:有了一个以上的因素，你通常需要一个以上的因素分组方法(即多颜色)。

定义您希望可视化解决的问题。“我想快速了解每个门的主要分类群”。这里有一个ggplot建议来解决这个问题。我假设您的数据位于一个数据框架data中，其中有一个名为Taxa的列，而不是在行名中。

library(ggplot2)
ggplot(data, aes(Taxa, Abund)) + geom_col() + 
  facet_grid(Phylogeny ~ .) + theme_light() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))

结果：

​

您还可以考虑ggplot之外的其他工具和方法。例如，另一种在层次类别中可视化比例的方法是树状图：

library(treemap)
treemap(data, index = c("Phylogeny", "Taxa"), vSize = "Abund", 
  vColor = "Abund", palette = "Spectral")

结果(需要改进)：

​