如何将dotPlot(seqinr)函数应用于含蛋白序列载体的每一个可能的成对组合

Question

我是新来的，我非常感谢你的帮助。我想将dotPlot(seqinr)函数应用于包含3个蛋白序列的载体中的两个蛋白质序列的每一个组合。这意味着我想得到3个dotPlot图表在最后。我尝试使用for循环：

#this is the vector containing 3 protein sequences. I turned each sequence to string to get 3 character vector:                      
seqs<-c(c2s(lepraeseq),c2s(ulceransseq),c2s(protseq))

#the loop:
for(i in 1:(length(seqs)-1)){
for(j in (i+1):length(seqs)){
print(dotPlot(as.character(i),as.character(j)))}}

#the outcome:
NULL
NULL
NULL

这个图是空的，没有蛋白质名。

很明显，这是错误的，我正在努力寻找正确的道路。我和j是整数，我想让它们成为向量，把序列作为字符，我只是不知道怎么做。

如果有人有其他方式，我会很高兴收到它。谢谢，贝拉

Answer 1

我无法访问lepraeseq、ulceransseq等中的数据，但这应该有效。您需要使用combn创建一个具有所有可能组合的索引对象。

使用此索引，您可以在一个循环中生成您的绘图。我看你在窗户上。我在你的硬盘上加了一行来保存你的情节。

library(seqinr)
seqs<-c("lepraeseq","ulceransseq","protseq")

comb <-combn(length(seqs),2) #get all possible pairwise combinations

for (i in 1:ncol(comb)){
dotPlot(s2c(seqs[comb[1,i]]),s2c(seqs[comb[2,i]]),
 xlab=seqs[comb[1,i]],ylab=seqs[comb[2,i]])
savePlot(filename = paste0("c:/temp/",paste0(seqs[comb[1,i]],"-",seqs[comb[2,i]]),".png"), 
 type ="png")
}

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