如何让Cytoscape.js自动创建类似于Cytoscape创建的布局？

Question

在使用Cytoscape.js之前，我使用了Cytoscape进行生物网络可视化。

Cytoscape能够使用其内部布局算法从我们的网络文件中创建一个自动布局。布局布局是非常合理的--相互连接的节点被放置在附近，节点与每组节点中心的中心节点很好地分布在一起，这对生物网络来说是很好的，因为节点太多，节点之间的连接也很多。

现在我正在使用Cytoscape.js。我希望Cytoscape.js能够自动创建一个布局，就像Cytoscape所创建的那样。我试着使用所有不同的布局选项(“随机”、“网格”、“cose”、“圆形”、“广度优先”)，但它们都没有创建类似于Cytoscape创建的布局。

我不需要为生物网络编写我们自己的布局布局算法(这是一件大事)。

但是我们需要使用Cytoscape.js而不是Cytoscape，因为我们需要将我们的分子网络工作流放在网站上(并在网站上可视化网络结果)。

因此，我的问题是:我们如何让Cytoscape.js自动创建类似于Cytoscape创建的布局？

非常感谢您提前！

Answer 1

Cytoscape桌面可以做很多库不能--或者不应该--的假设。如果你使用像Cytoscape.js这样的库，你需要为Cytoscape桌面可以做出假设的东西设置明确的选项。

调查一下部队指挥的布局。文档中对它们进行了描述，但我将在这里给出一个概述：

• cose：内置的、非常快速的、对文件大小的影响很小，但需要相当精确地设置选项以获得良好的结果(例如：)。
• cose-bilkent：具有更多增强功能的CoSE算法的一个版本，经过优化可以很好地适用于生物网络，速度稍慢，文件大小更大，无需进行大量或任何修补(例如：)。
• cola：适用于大多数图形(例如：)
• spread：快速，集群案例不希望第二阶段被启用
• springy和arbor：基本的，通常需要大量的修补，即使是修补效果也可能很差。

大多数布局都不是内置的，因为Cytoscape.js是一个库。(当不是每个人都需要大型文件时，强迫每个人都包含这些文件是不公平的。)

有关更多信息，请参见

• http://js.cytoscape.org/#layouts
• http://js.cytoscape.org/#extensions/layout-extensions