难以生成有向图和networkd3的

Question

我有一个关于2000+节点和9000个边的xlsx。我想要生成一个显式有向图。我试着用R中的igraph来生成我想要的有向图，但是(1)有太多的节点和边无法清晰地打印出来，我引用了一些用networkd3将igraph转换成networkd3并绘图的文档，但是(2)方向(箭头)丢失了。你能帮我解决这个问题吗？(1)或(2).My代码如下所示，我的数据格式如edges1.xlsx源目标到s1 s2 a s2 s7 b s2 s3 c

nodes1.xlsx id s1 a s2 c s3 d s4 c

library(readxl)
library(igraph)
links <- read_excel("C:\\Users\\file\\Desktop\\1W\\edges1.xlsx",sheet=1,col_names = TRUE)
nodes <- read_excel("C:\\Users\\file\\Desktop\\1W\\nodes1.xlsx",sheet=1,col_names = TRUE)
net   <- graph_from_data_frame(d=links,vertices=unique(nodes$JYZH),directed = T)
plot(net, vertex.color="orange",vertex.size=.1,vertex.label=NA,vertex.label.color="black",vertex.label.dist=0,edge.arrow.size=.01)
#above work well with my data format but because it is too many nodes(2000+) and edges(9000+) to print clearly
library(networkD3)

#Use igraph to make the graph and find membership
wc <- cluster_walktrap(net)
members <- membership(wc)

#Convert to object suitable for networkD3
net_d3  <- igraph_to_networkD3(net,group = members)
forceNetwork(Links = net_d3$links, Nodes = net_d3$nodes,
         Source = 'source', Target = 'target', NodeID = 'name',Group = 'group', zoom = TRUE)
#using above code of networkd3,the direction lost.....

有解决这些问题的办法吗？

Answer 1

1. 一个具有2000+节点和9000个边的网络图将是混乱的，不管您使用哪个软件来生成它。如果你用networkD3来设计它，你希望会有什么不同？
2. 更新(2017.03.24)：这个特性(使用箭头显示边缘/链接的方向)是最新发布的networkD3版本(0.4)中的arrows = TRUE参数给forceNetwork()。