在"Math.factor(x，xbase)“中创建日志轴时出错：”log“对因素没有意义

Question

TL;DR:我得到了上面(和下面)的错误。我该怎么解决呢？

因为我对R比较陌生，这让我很困惑。我正在尝试创建一个xyplot，其中两个轴都是日志转换的。我已经走了这么远：

library(lattice)
xyplot(`APC-H7-A`~`PE-Cy5-A`,lymphocytes, smooth=FALSE, 
       xlim=c(-100,10000), ylim=c(-100,10000),
       scales=list(x=list(log=10),y=list(log=10)))

我一直有个错误：

Math.factor中的错误(x，xbase)：“log”对因素没有意义

我猜这个错误意味着我的代码中有什么东西没有被识别为数字？但我真的不知道该从哪里开始找。

淋巴细胞是flowFrame类的一个对象，在flowCore包中：

Description.这个类表示FCS文件或类似的数据结构中包含的数据。数据有三部分：*

• 基于rows=events和columns=parameters的原始测量值的数值矩阵
• 参数注释(例如测量通道、污迹、动态范围)
• 通过FCS文件中的关键字提供的附加注释*

Answer 1

这是一个复杂的数据结构，访问原始数据并不简单。flowFrame的手册页面(请参阅help(flowFrame))说，我们可以对这个对象进行索引，使用exprs方法是获取原始数据的方法。另外，这个类也有自己的绘图方法，我假设您有一个很好的理由选择lattice。通过以下面的方式加载示例数据，我可以运行绘图代码：

require(flowCore)
require(lattice)
data(GvHD)

xyplot(exprs(GvHD[[1]][, "FL4-H"]) ~ exprs(GvHD[[1]][, "FL2-H"]),
        smooth=FALSE,
        xlim=c(-100,10000),
        ylim=c(-100,10000),
        scales=list(x=list(log=10),
                    y=list(log=10)),
        xlab = "FL2-H",
        ylab = "FL4-H")

我不知道这个数据数组中的FL2-H、FL4-H和1是什么，但我相信您知道数据时会很快发现的。