Winbug到Rjags二项式模型的转换

Question

我正在阅读Christensen等人的教科书“贝叶斯思想和数据分析”。

本书中有一个简单的练习，涉及到剪切和粘贴以下代码，以便在Winbug中运行：

model{ y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20 } 
list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values

我正试图将以下内容转换为R2jags代码，但遇到了一些麻烦。我认为我可以以这样的方式直接编写我的R2Jags代码：

model {
    #Likelihoods
    y ~ dbin(theta,n)
    yt ~ dbin(theta,m)
    #Priors
    theta ~ dbeta(a,b)
    prob <- step(yt - 20)
}

使用R码：

library(R2jags)

n <- 100
m <- 100
y <- 10
a <- 1
b <- 1

jags.data <- list(n = n,
                  m = m,
                  y = y,
                  a = a,
                  b = b)

jags.init <- list(
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 1 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 2 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10) #Chain 3 init
                 ) 

jags.param <- c("theta", "yt")

jags.fit <- jags.model(data = jags.data,
                     inits = jags.inits,
                     parameters.to.save = jags.param,
                     model.file = "hw21.bug",
                     n.chains = 3,
                     n.iter = 5000,
                     n.burnin = 100)

print(jags.fit)

但是，调用R代码会导致以下错误：

Error in jags.model(data = jags.data, inits = jags.inits, parameters.to.save = jags.param,  : 
  unused arguments (parameters.to.save = jags.param, model.file = "hw21.bug", n.iter = 5000, n.burnin = 100)

是因为我在R2Jags模型代码中缺少了一个必需的for循环吗？

Answer 1

错误来自R函数jags.model (而不是JAGS) --您试图将参数、parameters.to.save等用于错误的函数。

如果您希望保持模型尽可能类似于WinBUGS，有一种比在R中指定数据和初始值更容易的方法:将以下内容放入工作目录中名为“model.txt”的文本文件中：

model{
  y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
  ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
  theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
  prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20
} 

data{
  list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
}

inits{
  list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values
}

然后在R中运行这个：

library('runjags')
results <- run.jags('model.txt', monitor='theta')
results
plot(results)

有关将WinBUGS模型转换为JAGS的方法的更多信息，请参见：http://runjags.sourceforge.net/quickjags.html

哑光

Answer 2

这篇旧博文有一个通过包rjags (而不是R2jags )访问的将BUGS转换为JAGS的广泛示例。(我更喜欢runjags包。)我知道我们应该在这里给出完整的答案，而不仅仅是链接，但这篇文章相当长。它通过脚本的每个逻辑步骤，包括：

• 加载包
• 指定模型
• 数据拼装
• 初始化链
• 管理铁链
• 检查结果