如何忽略cor.test：“不够有限的观察”，并继续使用tidyverse和ggplot2 (ggpmisc)

Question

我有下面的工作-玩具例子：

trunctiris <- iris [1:102,] 
analysis <- trunctiris %>%
  group_by(Species) %>%
  nest() %>%
  mutate(model = map(data, ~lm(Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = .)),
         cor = map(data, ~tidy(cor.test(.x$Sepal.Length, .x$Sepal.Width), 3)))

stats <- analysis %>%
  unnest(cor)

ggplot(trunctiris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width)) +
  geom_point(shape = 21) +
  geom_text(data = stats, aes(label = sprintf("r = %s", round(estimate, 3)), x = 7, y = 4)) +
  geom_text(data = stats, aes(label = sprintf("p = %s", round(p.value, 3)),  x = 7, y = 3.8)) +
  geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x) +
  stat_poly_eq(aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~~")),
               formula = y ~ x,
               parse = TRUE) +
  facet_wrap(~Species)

该代码是在另一个问题中提供的。然而，我一直无法使它与我的数据一起工作。问题是，我有一些(并非所有)组的观测值少于3个，因此，在“分析”部分R中返回：

mutate_impl(.data，dots)中的误差:有限观测量不足

这与这个群体中没有足够的观察结果有关(在这个例子中是童贞)。我想绕开这个问题，我尝试过尝试(如果nrow(数据) >= 2)或类似的。如下所示：

analysis <- iris %>% 
group_by(Species) %>% 
nest() %>% mutate(model = map(data, ~lm (Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = .)), 
    cor = if_else( nrow(data) <= 2 , warning ("Must have at least 3 rows of data"), 
        (map(data, ~tidy(cor.test(.x$Sepal.Length, .x$Sepal.Width), 3)))))

返回：

Mutate_impl中的错误(.data，dots)：除了:警告消息:if_else(list(Sepal.Length= c(5.1，4.9，4.7，4.6，5 ))中必须至少有3行数据

有没有人知道一个简单的方法来避开这件事？我想跳过有问题的组，继续讲下去。

非常感谢和抱歉我非常基本的R技能。

Answer 1

purrr::safely或purrr::possibly允许在mapping时容易地防范错误。在本例中，一个好的策略是将对tidy(cor.test(...的调用包装在possibly中，并在发生错误时返回一个空的data.frame。

library(purrr)
analysis <- trunctiris %>%
  group_by(Species) %>%
  nest() %>%
  mutate(
    model = map(data, ~lm(Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = .)),
    cor = map(data, possibly(
      ~tidy(cor.test(.x$Sepal.Length, .x$Sepal.Width), 3), otherwise = data.frame())
    )
  )

3×4种数据模型cor 1 2 versicolor 3 virginica #<- -注意这里的空df

它变成：

unnest(analysis)

A:2×9种统计p.value参数conf.low conf.high 1 setosa 0.7425467 7.680738 6.709843 e-10 48 0.5851391 0.8460314 2杂色0.5259107 4.283887 8.771860 e-05 48 0.2900175 0.7015599 #.增加了两个变量:方法，替代

因此，给出错误的组被成功地从最终结果中删除。