我试图在我的RHEL7.3安装上运行NPB基准测试,但遇到了与这里提出的问题类似的问题。
Error while building NAS benchmarks
试图使在fortran中的BT基准测试,我得到以下错误:
cd BT; make NPROCS=16 CLASS=W SUBTYPE= VERSION=
make[1]: Entering directory '/mnt/npb_install/NPB3.3-MPI/BT'
make[2]: Entering directory '/mnt/npb_install/NPB3.3-MPI/sys'
make[2]: Nothing to be done for 'all'
make[2]: Leaving directory '/mnt/npb_install/NPB3.3-MPI/sys'
../sys/setparams bt 16 W
make[2]: Entering directory '/mnt/npb_install/NPB3.3-MPI/BT'
make[3]: Entering directory '/mnt/npb_install/NPB3.3-MPI/BT'
gfortran -O -o ../bin/bt.W.16 bt.o make_set.o initialize.o exact_solution.o exact_rhs.o set_constants.o adi.o define.o copy_faces.o rhs.o solve_subs.o x_solve.o y_solve.o z_solve.o add.o error.o verifiy.o setup_mpi.o ../common/print_results.o ../common/timers.o btio.o -L/usr/lib/openmpi-x84_64/ -lmpi
/bin/ld: cannot find -lmpi
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [bt-bt] Error 1
make[3]: Leaving direc.......然而,我使用的不是英特尔MPI,而是OpenMPI,尽管我并不完全理解这其中的含义。
我的make.def文件具有以下与mpi相关的设置
#-------------------------------------
# This is the fortran compiler usedd for MPI programs
#-----------------------------------------
MPIF77 = gfortran
# This links MPI fortran programs; usually the same as ${MPIF77}
FLINK = ${MPIF77}
#------------------------------------------
# These macros are passed to the linker to help link with MPI correctly
#-------------------------------------------
FMPI_LIB = -L/usr/lib/openmpi/lib/ -lmpi
#-----------------------------------------
# These macros are passed to the compiler to help find 'mpif.h'
#------------------------------------------
FMPI_INC = -I/usr/include/openmpi-x86_64/类似于上述问题中的内容。
从错误中,我假设输入参数-lmpi在编译时不是gfortran的有效输入参数,但是删除它会导致屏幕上满是未定义的引用,如:
file.f:(.text+0x123): undefined reference to 'mpi_whatever_'可以用gfortran编译NPB吗?还是我在这里做错了什么?我已经看到使用ifort是另一种选择,但我想在采取可能的解决方案之前,我应该先问一下这个问题。
发布于 2017-01-13 03:38:07
在黑客攻击它之后,我用以下的修正解决了这个问题,不知道它是怎么做的。
OpenMPI可能没有正确安装(无法调用mpicc或其他包装器/comps),为了修复它,我运行了以下命令
module avail
#displayed the openmpi-x86_64 module
module add open-x86_64
which mpirun
#displayed location of mpirun更可能的修复方法是简单地将gfortran在make.def文件中更改为mpif77。
https://stackoverflow.com/questions/41625406
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