解析来自PubMed查询的curl结果并将其格式化为引文

Question

这是this问题的后续问题.

同样的想法:我以XML的形式从PubMed中提取数据，并使用curl来处理这些结果。这允许我获取我需要的信息(一个发布I列表)，并将其用作另一个PubMed刮擦的变量。$name最终将是动态的。

<?php 
$name = 'white,theodore';
// Return xml data from PubMed based on author search name
$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term='.$name.'[author]&retmode=xml&retmax=50');
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$output = curl_exec($ch);

curl_close($ch);

// Parse the results and concatenate into a string of Publication IDs
$xml=simplexml_load_string($output);
$idList = $xml->IdList;
$ids = "";
foreach($idList->children() as $id) {
    $ids .= $id . ",";
}

// Plug that string of IDs into another PubMed search, this one returning XML data for Publication Summaries
$path = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id='.$ids;

$ch2 = curl_init();
curl_setopt($ch2, CURLOPT_URL, $path);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch2, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$data = curl_exec($ch2);

curl_close($ch2);
// Parse those results and print only what is needed for Citation format
$cxml=simplexml_load_string($data);
foreach($cxml->children() as $docsum) {
  foreach($docsum->children() as $item) {
    foreach($item->children() as $details) {
        if ((string) $details['Name'] === 'Author') {echo $details . "., ";}
    }
    if ((string) $item['Name'] === 'FullJournalName') { echo $item . ". "; }
    if ((string) $item['Name'] === 'Title') { echo "<strong>" . $item . "</strong> "; }
    if ((string) $item['Name'] === 'Volume') { echo "Vol." . $item . ", "; }
    if ((string) $item['Name'] === 'Issue') { echo "Issue" . $item . ". "; }
    if ((string) $item['Name'] === 'PubDate') { echo $item . ". "; }
    foreach($item->children() as $details) {
            if ((string) $details['Name'] === 'PubType') {echo $details . ", ";}
        }
  }
  echo "</br></br>";
}

?>

它返回以下XML数据(这是一个结果)。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<!DOCTYPE eSummaryResult PUBLIC "-//NLM//DTD esummary v1 20041029//EN" "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/eutils/dtd/20041029/esummary-v1.dtd">
<eSummaryResult>
  <DocSum>
    <Id>27431223</Id>
    <Item Name="PubDate" Type="Date">2016 Oct</Item>
    <Item Name="EPubDate" Type="Date">2016 Sep 23</Item>
    <Item Name="Source" Type="String">Antimicrob Agents Chemother</Item>
    <Item Name="AuthorList" Type="List">
      <Item Name="Author" Type="String">Bhattacharya S</Item>
      <Item Name="Author" Type="String">Sobel JD</Item>
      <Item Name="Author" Type="String">White TC</Item>
    </Item>
    <Item Name="LastAuthor" Type="String">White TC</Item>
    <Item Name="Title" Type="String">A Combination Fluorescence Assay Demonstrates Increased Efflux Pump Activity as a Resistance Mechanism in Azole-Resistant Vaginal Candida albicans Isolates.</Item>
    <Item Name="Volume" Type="String">60</Item>
    <Item Name="Issue" Type="String">10</Item>
    <Item Name="Pages" Type="String">5858-66</Item>
    <Item Name="LangList" Type="List">
    <Item Name="Lang" Type="String">English</Item>
    </Item>
    <Item Name="NlmUniqueID" Type="String">0315061</Item>
    <Item Name="ISSN" Type="String">0066-4804</Item>
    <Item Name="ESSN" Type="String">1098-6596</Item>
    <Item Name="PubTypeList" Type="List">
      <Item Name="PubType" Type="String">Journal Article</Item>
    </Item>
    <Item Name="RecordStatus" Type="String">Unknown status</Item>
    <Item Name="PubStatus" Type="String">epublish</Item>
    <Item Name="ArticleIds" Type="List">
      <Item Name="pubmed" Type="String">27431223</Item>
      <Item Name="pii" Type="String">AAC.01252-16</Item>
      <Item Name="doi" Type="String">10.1128/AAC.01252-16</Item>
      <Item Name="pmc" Type="String">PMC5038269</Item>
      <Item Name="rid" Type="String">27431223</Item>
      <Item Name="eid" Type="String">27431223</Item>
      <Item Name="pmcid" Type="String">pmc-id: PMC5038269;embargo-date: 2017/04/01;</Item>
    </Item>
    <Item Name="DOI" Type="String">10.1128/AAC.01252-16</Item>
    <Item Name="History" Type="List">
      <Item Name="received" Type="Date">2016/06/10 00:00</Item>
      <Item Name="accepted" Type="Date">2016/07/12 00:00</Item>
      <Item Name="pmc-release" Type="Date">2017/04/01 00:00</Item>
      <Item Name="entrez" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
      <Item Name="pubmed" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
      <Item Name="medline" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
    </Item>
    <Item Name="References" Type="List"></Item>
    <Item Name="HasAbstract" Type="Integer">1</Item>
    <Item Name="PmcRefCount" Type="Integer">0</Item>
    <Item Name="FullJournalName" Type="String">Antimicrobial agents and chemotherapy</Item>
    <Item Name="ELocationID" Type="String">doi: 10.1128/AAC.01252-16</Item>
    <Item Name="SO" Type="String">2016 Oct;60(10):5858-66</Item>
</DocSum>

</eSummaryResult>
</br></br>

与此相呼应：

2016年10月，Bhattacharya S.，Sobel JD.，White TC.，一种联合荧光检测显示，作为一种耐唑耐药的阴道念珠菌分离株，外排泵活性增加。第60卷，Issue10.期刊文章，抗菌药物和化疗。

1. Zavrel M.，White TC.，医学上重要的真菌对唑类药物的反应:最新报道。第10卷，Issue8.期刊文章，评论，未来微生物学。
2. Esquivel .，Smith AR.，Zavrel M.，White TC.，Azole药物导入致病真菌烟曲霉。第59卷，Issue6.期刊文章，抗菌药物和化疗。

2015年4月. Achterman RR.，Moyes DL.，Thavaraj S.，Smith AR.，Blair KM.，White TC.，Naglik JR.，皮肤角质形成细胞通过丝裂原活化蛋白激酶信号和诱导免疫反应。第83卷，Issue4.期刊文章，感染和免疫。

2015年2月3日。福特公司，Funt JM.，Abbey D.，Issi L.，Guiducci .，Martinez DA.，Delorey T.，Li BY.，White TC.，Cuomo C.，Rao RP.，Berman J.，Thompson DA.，Regev A.，白色念珠菌临床分离株耐药性的演变。第4卷，发行。期刊文章，eLife.

2014年8月1日，白色TC.，Findley K.，Dawson TL Jr.，Scheynius A.，Boekhout T.，Cuomo CA.，Xu J.，Saunders CW.，真菌在皮肤上:皮肤病和马拉色菌。第4卷，Issue8.期刊文章，评论，冷泉港在医学上的观点。

2014年1月，Maguire SL.，Wang C.，荷兰LM.，Brunel F.，Neuvéglise C.，Nicaud JM.，Zavrel M.，White TC.，Wolfe KH.，Butler G.，锌指转录因子取代SREBP蛋白，成为Saccharomycotina进化过程中的主要甾醇调节因子。第10卷，Issue1.期刊文章，PLoS遗传学。

2013年11月15日。Campoli P.，Perlin DS.，Kristof AS.，White TC.，Filler SG.，Sheppard DC.，P.泊沙康唑在上皮细胞和真菌中的药物动力学:对治疗和预防过程中潜在作用机制的认识。第208卷，Issue10.期刊文章，传染病杂志。

2013年7月8日. Achterman RR.，白三叶，皮癣菌。第23卷，Issue13.期刊文章，当前生物学: CB。

等。

所有这些都很好，只引用了我需要的数据，但我无法重新排序结果，所以作者优先，PubDate是最后的，等等。我尝试了许多选择，但我对其中任何一个都不熟悉，似乎无法破解。

我尝试过附加XSLT样式表，但我认为这不起作用，因为我实际上并没有输出XML文件。也许吧?

我尝试使用下面的XPath，而不是底部的SimpleXML块返回引用，但始终得到空白的结果。因为所有数据都被标记为<Item>，所以我试图使用Name属性，但没有成功。

$content = simplexml_load_string($data);
$results = $content->xpath('Item[@Name]');
foreach($results as $result) {
  $title = $result->xpath('[@Name="Title"]');
  // Make sure there's an author attribute
  if($title) {
    // because we have a list of elements even if there's one result
    $items = $title[0]->attributes();
    $title = $items['value'];
  }
echo $results;
}

我也尝试过DOMXPath和GetElementsByTagName，但都没有结果。

基本上我被困住了。我尝试了很多不同的方法，也犯了太多的错误，我觉得自己就像在兜圈子。任何有更多Xpath或XSLT经验的人都有想法吗？

Answer 1

考虑以下纯XSLT解决方案(不需要foreach循环)，它处理节点重新排序，甚至最终输出，因为XSLT可以将XML内容转换为文本(即PHP )，甚至是HTML。

让整个CURL调用保持原样，但替换嵌套的foreach循环。在XSLT脚本下面嵌入为字符串，需要在.ini文件中启用PHP的.ini扩展来访问PHP内置XSLT1.0处理器(即libxslt)：

// ... same CURL call ...

// Parse those results and print only what is needed for Citation format
$cxml=simplexml_load_string($data);

$xslstr = '<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
<xsl:output indent="yes" method="text"/>
<xsl:strip-space elements="*"/>

<xsl:template match="DocSum">
    <xsl:if test="Item[@Name=\'AuthorList\' and .!=\'\']">
        <xsl:for-each select="Item[@Name=\'AuthorList\' and .!=\'\']/*">
            <xsl:value-of select="." />
            <xsl:if test="position() != last()">
                <xsl:text>, </xsl:text>
            </xsl:if>           
        </xsl:for-each><xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>

    <xsl:if test="Item[@Name=\'FullJournalName\' and .!=\'\']">
        <xsl:value-of select="concat(\'&lt;strong&gt;\', Item[@Name=\'FullJournalName\'], 
                                     \'&lt;/strong&gt;\')" />
        <xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>
    <xsl:if test="Item[@Name=\'Title\' and .!=\'\']">                        
        <xsl:value-of select="Item[@Name=\'Title\']" /><xsl:text>, </xsl:text>
    </xsl:if>
    <xsl:if test="Item[@Name=\'Volume\' and .!=\'\']">
        <xsl:value-of select="Item[@Name=\'Volume\']" /><xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>
    <xsl:if test="Item[@Name=\'Issue\' and .!=\'\']">
        <xsl:value-of select="Item[@Name=\'Issue\']" /><xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>
    <xsl:if test="Item[@Name=\'PubDate\' and .!=\'\']">
        <xsl:value-of select="Item[@Name=\'PubDate\']" /><xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>

    <xsl:if test="Item[@Name=\'PubTypeList\' and .!=\'\']">
        <xsl:for-each select="Item[@Name=\'PubTypeList\']/*">
            <xsl:value-of select="." />
            <xsl:if test="position() != last()">
                <xsl:text>, </xsl:text>
            </xsl:if>           
        </xsl:for-each><xsl:text>. </xsl:text>
    </xsl:if>

    <xsl:text>&lt;br&gt;&lt;br&gt;</xsl:text>
</xsl:template>     
</xsl:stylesheet>';

$xsl=simplexml_load_string($xslstr);

// XSLT TRANSFORMATION
$proc = new XSLTProcessor;
$proc->importStyleSheet($xsl); 
$newXML = $proc->transformToXML($cxml);

echo $newXML;

输出

​

​