格罗布的定位

Question

我希望用arrangeGrob绘制主图中线性模型的数据和效果图(森林图)的子图。

以下是数据：

set.seed(1)
main.df <- data.frame(sample=c(paste("E.plus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.plus.A.minus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.minus",1:3,sep="_")),
                      replicate=rep(1:3,4),cpm=c(rnorm(12)),
                      factor.level=factor(c(rep("E.plus.A.plus",3),rep("E.minus.A.plus",3),rep("E.plus.A.minus",3),rep("E.minus.A.minus",3)),
                                    levels=c("E.plus.A.plus","E.minus.A.plus","E.plus.A.minus","E.minus.A.minus")))

effects.df <- data.frame(factor.level=c("E.plus.A.plus-E.minus.A.plus","E.plus.A.plus-E.plus.A.minus","E.plus.A.plus-E.minus.A.minus",
                                        "E.minus.A.plus-E.plus.A.minus","E.minus.A.plus-E.minus.A.minus","E.plus.A.minus-E.minus.A.minus"),
                         effect=rnorm(6),effect.df=runif(6,0,0.5),p.value=runif(6,0,1),y=1:6+0.2)
effects.df$effect.high <- effects.df$effect+effects.df$effect.df
effects.df$effect.low <- effects.df$effect-effects.df$effect.df
effects.df$factor.level <- factor(effects.df$factor.level,levels=effects.df$factor.level)

这些情节：

require(ggplot2)
require(grid)
require(gridExtra)
main.plot <- ggplot(main.df,aes(x=replicate,y=cpm,color=factor.level))+geom_point(size=3)+
  facet_wrap(~factor.level,ncol=length(levels(main.df$factor.level)))+
  labs(x="replicate",y="cpm")+scale_x_continuous(breaks=unique(main.df$replicate))+theme_bw()+
  theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=8),plot.title=element_text(size=9,hjust=0.5))

即：

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sub.plot <- ggplot(effects.df,aes(x=effect,y=factor.level,color=factor.level))+geom_point(size=2.5,shape=19)+geom_errorbarh(aes(xmax=effect.high,xmin=effect.low),height=0.1)+
  geom_vline(xintercept=0,linetype="longdash",colour="black",size=0.25)+theme_bw()+theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=7),axis.text=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7),legend.title=element_text(size=7))+
  geom_text(aes(x=effects.df$effect,y=effects.df$y,label=format(signif(effects.df$p.value,2),scientific=T)),size=2.5)

而且是：

​

下面是我如何将它们合并成一个单独的情节：

if(!is.null(dev.list())) dev.off()
blank <- grid.rect(gp = gpar(col = "white"))
sub.plot.grob <- arrangeGrob(blank,sub.plot,ncol=1)
combined.plot <- arrangeGrob(main.plot,sub.plot,ncol=2,widths=c(1,1))
grid.arrange(combined.plot)

这意味着：

​

如何调整位置和尺寸，使sub.plot更小(所有层，例如，文本按比例减少)，并定位在main.plot的图例下面

Answer 1

我强烈推荐用于这类任务的包cowplot。在这里，我正在构建三个嵌套集(左边是主图，然后是右上角的两个传说，然后是右下角的子图)。请注意奇妙的get_legend函数，它使提取传奇变得非常容易。

plot_grid(
  main.plot + theme(legend.position = "none")
  , plot_grid(
    plot_grid(
      get_legend(main.plot)
      , get_legend(sub.plot)
      , nrow = 1
    )
    , sub.plot + theme(legend.position = "none")
    , nrow = 2
  )
  , nrow = 1
  )

给予：

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显然，我建议更改一个(或两者)的调色板，但这应该可以满足您的需要。

如果您真的想要使用sub.plot的图例，而不是其他图例，则可以跳过get_legend。

如果您想要的不是均匀大小，您还可以使用rel_widths和rel_heights来调整集合的宽度/高度。

另外，cowplot在加载时设置了自己的默认主题。我通常在加载theme_set(theme_minimal())之后运行它，从而恢复到我喜欢的状态。

Answer 2

这里有一个grid.arrange解决方案，

grid.arrange(grobs = replicate(4, ggplot(), simplify = FALSE), 
             layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)), 
             widths = c(2,1,1))

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带着这些碎片，

get_legend <- function(p) {
   g <- ggplotGrob(p)
   id <- grep("guide", g$layout$name)
   g$grobs[[id]]
}

leg1 <- get_legend(main.plot); leg2 <- get_legend(sub.plot)
gl <- list(main.plot + theme(legend.position = "none"), 
           sub.plot + theme(legend.position = "none"), leg1, leg2)

grid.arrange(grobs = gl, 
             layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)), 
             widths = c(2,1,1))

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