在EC2上运行时，带有R (rocker/r.base)和python的Docker映像不起作用，但是局部运行很好

Question

我最近开始使用码头。看起来相当令人兴奋，事实是，你可以建立一次应用程序，并在任何机器上运行，听起来很棒！

事实是，我经历了另一件事。我有一个R映像作为基础(rocker/r.base)，我想在它上安装python，所以我可以在映像上运行一个烧瓶应用程序，它将公开一个端点，一旦调用，它将运行一个R脚本并记录一些结果。

整件事是一个对接-撰写文件的一部分(在合成上还有3-4个图像，所有的操作都是单独的)。

因此，我设法构建映像，并在本地运行它的码头-撰写。

当我试图将映像部署到AWS EC2实例时，奇怪的事情就开始了。到目前为止，我已经成功地在AWS上运行了其他映像。但是对于这个特定的映像，构建失败是因为我得到了一些库依赖错误，并且在修复之后，执行失败了。为了深入了解更多细节：

• 最初，我在构建AWS时得到了AWS上的依赖错误(本地没有这样的错误)。因此，为了克服这一点，我修改了我的Dockerfile，以便它单独安装这些依赖项。这起作用了！我的形象终于建立起来了。但随后：
• 我设法让这个web应用程序暴露在一个端点上。然后我尝试调用R脚本，我发现系统找不到Rscript命令(我明确地将它定义为/usr/bin/Rscript，它在本地工作得很好--我使用python的subprocess.call运行R脚本)。

所以Rscript似乎没有安装在我的AWS容器上！这可能是因为我已经使用过的手动安装--allow-downgrades，因此将安装适当的版本。我怀疑这些降级可能会删除一些库？

不管怎么说，我不知道到底出了什么问题。对我来说听起来很可怕。我想，一旦你在本地运行了一些东西，那么你就可以在任何地方使用码头运行它，但似乎要么不是这样，要么是我错过了一些非常糟糕的东西。

顺便说一下，我的本地an产品(AWS)服务器使用了相同版本的docker (1.12.3，build 6b644ec)和docker-组合(版本1.7.0，build 0d7bf73)，而且我已经为这两台机器启用了i386体系结构(以防出现问题，两者实际上都在使用amd64)。

我不确定我是否希望从这篇文章中得到一些答案，到目前为止，我还没有在谷歌上找到类似的情况，但是如果以前有人遇到过这样的情况，请畅所欲言！:)

干杯，宝贝

更新

你绝对是对的，亚龙。我附上一些更多的信息。首先，对接者-复合者. the：

version: '2'
services:
  recommend.service:    # This service is fine both locally and on AWS
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/recommend.service.Dockerfile
    ports:
     - "8081:8081"
    restart: always
    env_file: .env
  cltv.service:     # This is the service that has problems to be built and run on AWS. Locally is fine
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/cltv.service.Dockerfile
    ports:
     - "8082:8082"
    restart: always
    env_file: .env
  rabbit:       # Works everywhere
    image: rabbitmq
    hostname: smart.rabbitmq
    restart: always
    volumes:
      - rabbit.data:/var/lib/rabbitmq
  celery:       # Works everywhere
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/smart.celery.Dockerfile
    depends_on:
     - rabbit
    restart: always
    env_file: .env
volumes:
  rabbit.data:
    driver: local

以及./docker/cltv.service.Dockerfile：

## Adapted from zamora/r-devtools
## Start with the official rocker image (lightweight Debian)
FROM rocker/r-base:latest

MAINTAINER Babis <cparavalos@gmail.com>

ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive

RUN mkdir -p /usr/src/cltv_app
WORKDIR      /usr/src/cltv_app

COPY requirements.txt           /usr/src/cltv_app/requirements.txt
COPY requirements-cltv.txt      /usr/src/cltv_app/requirements-cltv.txt
COPY cltv/                      /usr/src/cltv_app/cltv/
COPY services/                  /usr/src/cltv_app/services/

# Install external dependencies
RUN apt-get update -qq \
 && apt-get install -y --no-install-recommends --allow-downgrades \
 libcurl3=7.50.1-1 \        # I added that because of dependencies issue while building in the server. Locally I didn't need it
 libcurl4-openssl-dev \
 libssl-dev \
 libsqlite3-dev \
 libxml2-dev \
 qpdf \
 vim \
 libgsl-dev \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/ \
 && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds

# Install devtools and testthat
RUN install2.r --error \
    devtools \
    testthat \
    gsl

# Install some required libraries
RUN Rscript -e 'devtools::install_github("mplatzer/BTYDplus", dependencies=TRUE)'

## Note: I had added the below in order to get a succesful build because of the dependencies errors. In my local, the image is built and run without these!!!
#RUN apt-get update
#RUN apt-get install -y --allow-downgrades libkrb5support0=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libkrb5-3=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libk5crypto3=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get install -y libgssapi-krb5-2=1.14.3+dfsg-2
#RUN apt-get update
#RUN apt-get install -y krb5-multidev

# Install python and postgres required packages
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y python3.4 python3-dev libpq-dev python-pip

RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements-cltv.txt
RUN pip install -e cltv/.

EXPOSE 8082

# Set a big timeout
CMD ["/usr/local/bin/gunicorn", "--log-config", "cltv/logging.conf",  "cltv.wsgi:app", "--bind", "0.0.0.0:8082", "--timeout", "86400"]

我触发了整个过程：

docker-compose up --build -d

谢谢，如果你需要在设置上看到其他的东西，请建议！

Answer 1

原因是r.base与一些python包有冲突，不能在这个R映像中使用python。

最后，我得到了一个解决方案，里面的对接者形象，以ubuntu为基础。我在ubuntu映像中安装了所需的python库，并在其上安装了docker，在这个映像中，我使用了docker来构建这个r.base映像。然后我使用了从ubuntu容器内部运行的docker，并设法完成了我的工作:)