如何指示R安装尚未安装的所有生物导体软件包？

Question

显然，安装所有的生物导体包并不那么麻烦

安装所有生物导体软件包

biocLite(all_group())

但是，如果您只想安装那些无法在您的计算机上安装的软件包，那么应该做什么呢？

Answer 1

您可以相当容易地使用

IP <- installed.packages()

和

AP <- available.packages()

然后将这些输入到setdiff()中以计算差异。

Answer 2

在安装BioConductor中的差异时，我会非常小心。我遇到了最初安装包A.1 (依赖于B.1 )的情况。几周或几个月后，我安装了依赖于C.2的软件包B.2。

请记住，BioConductor只保持最新版本的包可用。这意味着B.1不再可以通过BioConductor获得。因此，R以其无限的智慧，将很高兴地用B.2破坏您以前安装的B.1，破坏了A.1的功能，并使整个安装变得一团糟。

为了缓解这个问题，我建议立即安装您想要使用的软件包。使用最新版本的R(目前为3.6.0 )，例如。

# Install into directory of your choosing.
# Be sure to appropriately set .libPaths in your .Rprofile
.libPaths = .libPaths("/some/local/path/3.6.0-lib_all_bioc") 

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
repos = BiocManager::available()
BiocManager::install(repos)

请记住，用于安装使用说明的BioConductor最近发生了变化(在过去的一两年中)。