GDCM在DICOM文件中的应用

Question

我有一个RLE压缩的DICOM文件，有PALETTE_COLOR光度解释。使用GDCM，我可以使用以下代码获得片段：

gdcm.ImageReader imagereader = new gdcm.ImageReader();
imagereader.SetFileName(fileName);
if (imagereader.Read())
  {
  DataElement compressedPixelData = imagereader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(Helper.PIXEL_DATA);
  SequenceOfFragments sf = compressedPixelData.GetSequenceOfFragments();
  if (sf == null) throw new Exception("Cannot get fragments!");
  Fragment frag = sf.GetFragment((uint)frameNumber);
  uint bufLen = Convert.ToUInt32(frag.GetByteValue().GetLength().toString());
  byte[] buffer = new byte[bufLen];
  frag.GetByteValue().GetBuffer(buffer, bufLen);
  }

现在，我试图从缓冲区中创建一个图像。因为它是PALETTE_COLOR，所以我必须将LUT应用到缓冲区。我使用以下代码：

gdcm.LookupTable lut = imagereader.GetImage().GetLUT();

int size = ImageWidth * ImageHeight * 3;
byte[] decodedBuffer = new byte[size];

bool worked = lut.Decode(decodedBuffer, (uint)size, buffer, (uint)bufLen);

if (worked)
   return decodedBuffer;
else
   return buffer;

decodedBuffer的大小是Width * Height * 3，因为我期望在应用LUT后的RGB像素。但是产生的图像是不正确的。

如果我使用ImageApplyLookupTable类，我可以正确地显示图像。

我不想使用ImageApplyLookupTable类，因为它会解码整个图像(所有片段！)转换为原始的RGB像素并消耗大量内存。我想解码帧一个帧，以尽量减少内存使用。

您能告诉我如何正确地使用gdcm.LookupTable类来一次解码帧吗？我使用的示例文件是这里。

更新:使用ImageRegionReader对8位调色板颜色有效，但对16位无效，您能检查一下原因吗？我有16位的这里样本。

Answer 1

GDCM附带了许多例子，在您的例子中，我建议您开始阅读：ExtractImageRegionWithLUT.cs。

代码非常愚蠢，因为它将在前面的框架上反复编写提取的帧。但无论如何，这应该给你一个基本的想法。我在这里所做的是：

首先，确保构建了C#示例(我在本例中使用了make )：

$ make GDCMCSharpExample

然后：

$ ExtractImageRegionWithLUT.exe PAL-16_RLE.dcm

在UNIX上，这将创建一个原始文件，您可以使用gdcmimg将其转换回DICOM

$ gdcmimg --depth 16 --spp 3 --size 800,600 /tmp/frame_rgb.raw /tmp/frame_rgb.raw.dcm

然后您可以简单地查看它：

$ gdcmviewer /tmp/frame_rgb.raw.dcm

你甚至可以用以下方法说服自己：

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1 --depth 16 --spp 3 --size 800,600 /tmp/frame_rgb.raw /tmp/frame_rgb.raw.dcm