使用Rcpp获取Rcpp工具

Question

我读过这里和这里的相关文章，看过Dirk的talk 这里，但是我甚至没有从gperftools那里得到一个.log文件。这是我的R文件，名为Rcpp_practice.R

library(Rcpp)

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lprofiler")
sourceCpp('eigen.cpp')

a <- matrix(rnorm(300^2), 300, 300)
getEigenValues(a)

以下是eigen.cpp的内容

#include <RcppArmadillo.h>
#include <gperftools/profiler.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
arma::vec getEigenValues(arma::mat M) {
    return arma::eig_sym(M);
}

然后，在终端上(我正在使用OSX)：

CPUPROFILE="eigenprof.log" R -f "Rcpp_practice.R"

我希望看到eigenprof.log坐在我的工作目录中，但我没有。而且，我也没有收到我在表单PROFILE: interrupts/evictions/bytes = 012/34/567891的其他帖子中看到的消息

我验证了我已经安装了最新版本的gperftools。($ brew upgrade google-perftools给出Error: gperftools 2.5 already installed)。

我遗漏了什么？

更新

在修改代码以匹配@nrussell之后，我得到以下错误消息：

Error in dyn.load("/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so") : 
unable to load shared object '/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so':
dlopen(/private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so, 6): Symbol not found: _ProfilerStart
Referenced from: /private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so
Expected in: flat namespace
in /private/var/folders/6k/ffcchdq52kbb7d631b5vsqcw0000gn/T/RtmpCIdHkG/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7/sourcecpp_6c3253d60384/sourceCpp_2.so
Calls: sourceCpp -> source -> withVisible -> eval -> eval -> dyn.load
Execution halted

如果我以交互方式运行脚本，这将出现在与sourceCpp一起的行中。

Answer 1

我没有访问OS机器的权限，但下面的内容在Debian 8上有效，我刚刚将ProfilerStart / ProfilerStop调用添加到您的C++代码中(而且根本没有更改您的R代码)：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>
#include <gperftools/profiler.h>

// [[Rcpp::export]]
arma::vec getEigenValues(arma::mat M) {
    ProfilerStart("./eigen-prof.log");
    return arma::eig_sym(M);
    ProfilerStop();
}

见下文最新情况。

然后从终点站，

R -f eigen-prof.R > /dev/null && google-pprof --text $(which R) eigen-prof.log 

# PROFILE: interrupts/evictions/bytes = 2/0/264
# Using local file /usr/local/bin/R.
# Using local file eigen-prof.log.
# /usr/bin/addr2line: /usr/local/bin/R: File format not recognized
# Total: 2 samples
#        1  50.0%  50.0%        1  50.0% dlamch_
#        1  50.0% 100.0%        1  50.0% dsymv_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00000000004007ca
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00000000004007fa
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002bf0bd
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002bf2a8
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% 00007f84002c14c8
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% R_ReplConsole
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_ReplIteration
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_applyClosure
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% Rf_eval
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% __libc_start_main
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dlatrd_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% do_dotcall
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsyev_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsytrd_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% frame_dummy
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% run_Rmainloop 

关于更新，请尝试将sourceCpp调用更改为

sourceCpp(
    'eigen-prof.cpp',
    verbose = TRUE,
    rebuild = TRUE,
    cacheDir = "/tmp/profdir"
)

其中，我使用cacheDir = "/tmp/profdir"覆盖默认的随机目录(tempdir())，sourceCpp用于构建共享库；rebuild = TRUE确保每次运行时都生成一个新的.so。

回到shell中，运行以下命令，根据需要替换适当的文件和目录名称：

• R -f eigen-prof.R
• so_file=$(find /tmp/profdir/ -iname '*.so' -printf "%T+\t%p\n" | sort -r | head -n1 | awk '{print $2}')
• google-pprof --text $so_file eigen-prof.log

这给了我

# Using local file /tmp/profdir/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.7/sourcecpp_5dc5531d6f20/sourceCpp_4.so.
# Using local file eigen-prof.log.
# Total: 2 samples
#        1  50.0%  50.0%        1  50.0% dsterf_
#        1  50.0% 100.0%        1  50.0% dsymv_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% 0x00000000004007ca
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% 0x00000000004007fa
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% R_ReplConsole
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_ReplIteration
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_applyClosure
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% Rf_eval
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% __libc_start_main
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% arma::auxlib::eig_sym
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dlatrd_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% do_dotcall
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% dsyev_
#        0   0.0% 100.0%        1  50.0% dsytrd_
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% eig_sym (inline)
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% getEigenValues
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% run_Rmainloop
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% sourceCpp_1_getEigenValues
#        0   0.0% 100.0%        2 100.0% syev (inline)

我将第二步放在一起，所以不要对此做出判断；但是它只是搜索传递给cacheDir的目录(在我的例子中是/tmp/profdir)，以查找最近创建的(修改的) .so文件。如果您的机器缺少这些程序，您也可以使用Finder等手动获取文件名。

Answer 2

在OS上，当我天真地试图编译代码时，我看到了同样的错误：

> Rcpp::sourceCpp('scratch/prof.cpp')
Error in dyn.load("/private/var/folders/tm/5dt8p5s50x58br1k6wpqnwx00000gn/T/RtmpgOwFk7/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7.1/sourcecpp_9f424793a11/sourceCpp_2.so") : 
  unable to load shared object '/private/var/folders/tm/5dt8p5s50x58br1k6wpqnwx00000gn/T/RtmpgOwFk7/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7.1/sourcecpp_9f424793a11/sourceCpp_2.so':
  dlopen(/private/var/folders/tm/5dt8p5s50x58br1k6wpqnwx00000gn/T/RtmpgOwFk7/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7.1/sourcecpp_9f424793a11/sourceCpp_2.so, 6): Symbol not found: _ProfilerStart
  Referenced from: /private/var/folders/tm/5dt8p5s50x58br1k6wpqnwx00000gn/T/RtmpgOwFk7/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7.1/sourcecpp_9f424793a11/sourceCpp_2.so
  Expected in: flat namespace
 in /private/var/folders/tm/5dt8p5s50x58br1k6wpqnwx00000gn/T/RtmpgOwFk7/sourceCpp-x86_64-apple-darwin13.4.0-0.12.7.1/sourcecpp_9f424793a11/sourceCpp_2.so

相关的位，Symbol not found: _ProfilerStart，意味着我们没有为编译器提供链接到Google库所需的信息。向链接器调用添加-lprofiler位足以解决这个问题--最简单的方法是向~/.R/Makevars添加如下内容：

LDFLAGS = -L/usr/local/lib -lprofiler

假设您已经安装了Google工具，并以标准方式将其与/usr/local进行了符号链接。

更彻底的解决方案将涉及实现生成这些标志所需的Rcpp属性代码，这样添加// [[Rcpp::plugin(gperftools)]]就足以确保Rcpp自动添加所需的标志。有关如何完成此操作的一些信息，请参见?Rcpp::Rcpp.plugin.maker。