PDB BioPython-提取坐标

Question

我是Python的新手，在BioPython中是否有任何函数来计算给定一个PDB文件的原子向量，并将坐标作为它的输入？

或

是否有一个BioPython函数来从PDB文件中分别提取坐标？

Answer 1

原子有这样的方法，更确切地说，它叫做向量()。

from Bio.PDB import PDBParser


p = PDBParser()
s = p.get_structure("4K5Y", "4K5Y.pdb")                    

for chains in s:
    for chain in chains:
        for residue in chain:                             
            for atom in residue:
                print(atom.get_vector())

在此之后，您有一些方法可用于每个Vector对象文档化的这里。