使用spatstat包将数据帧转换为ppp对象

Question

我有一个数据框架

df <- data.frame(x = rep(seq(1:10), 10), y = rep(seq(1:10), each = 10), diameter = rnorm(100, 0.3, 0.03), height = rnorm(100, 0.2, 001))

我希望通过ppp of spatstat包将其转换为spatstat文件。我希望diameter和height变量是marks，而我不能这样做。我试过f.ex这个

pp1<-ppp(df$x, df$y,  marks = data.frame(df %>% select(diameter, height)))

但不起作用。

我想要的输出类似于附加到spatstat包的数据文件spatstat。

> finpines
Marked planar point pattern: 126 points
Mark variables: diameter, height 
window: rectangle = [-5, 5] x [-8, 2] metres

Answer 1

在定义平面点模式ppp之前，您需要定义观察窗口，因为我们需要知道观察点的位置和没有点的位置。这个过程的强度是每个区域的平均点数，所以我们需要知道研究区域的面积。

在你的例子中，我假设学习区域(观察窗口)是0，11x0，11。然后你可以：

library(spatstat)
df <- data.frame(x = rep(seq(1:10), 10),
                 y = rep(seq(1:10), each = 10),
                 diameter = rnorm(100, 0.3, 0.03),
                 height = rnorm(100, 0.2, 001))
W <- owin( c(0, 11), c(0,11) )
pp1 <- as.ppp( df, W = W)

Answer 2

你可以试一试，但我不能判断你是否能接受这个警告：

警告信息:在ppp中(df$x，df$y，mark= data.frame(df %>% select(直径，高度))：99点被拒绝，因为它位于指定的窗口之外。

library(spatstat)
library(dplyr)
df <- data.frame(x = rep(seq(1:10), 10), y = rep(seq(1:10), each = 10), diameter = rnorm(100, 0.3, 0.03), height = rnorm(100, 0.2, 001))
pp1<-ppp(df$x, df$y,  marks = data.frame(df %>% select(diameter, height)))

产出如下：

> pp1
Marked planar point pattern: 1 point
Mark variables: diameter, height 
window: rectangle = [0, 1] x [0, 1] units
*** 99 illegal points stored in attr(,“rejects”) ***