如何使用Biopython的distancematrix函数？

Question

我想用http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Cluster.Record-class.html#distancematrix计算数据集上的距离矩阵(使用遗传距离函数)，但我似乎一直有错误，通常告诉我排名不是2。我不确定它作为输入需要什么，因为文档从来没有说过，也没有在线的例子。

假设我读到了一些排列的基因序列：

SingleLetterAlphabet() alignment with 7 rows and 52 columns
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL...SKA COATB_BPIKE/30-81
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIKL...SRA Q9T0Q8_BPIKE/1-52
DGTSTATSYATEAMNSLKTQATDLIDQTWPVVTSVAVAGLAIRL...SKA COATB_BPI22/32-83
AEGDDP---AKAAFNSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPM13/24-72
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPZJ2/1-49
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA Q9T0Q9_BPFD/1-49
FAADDATSQAKAAFDSLTAQATEMSGYAWALVVLVVGATVGIKL...SRA COATB_BPIF1/22-73

这将由

data = Align.read("dataset.fasta","fasta")

但是Cluster.Record类中的距离矩阵不接受这一点。我怎么才能让它起作用！即

dist_mtx = distancematrix(data)

Answer 1

简单的回答是:你没有。

来自文档

记录存储基因表达数据和相关信息。

Cluster对象用于基因表达数据，而不是用于MSA。我建议使用像MSARC这样的外部工具，它也运行在Python中。