生存分析中的生存时间

Question

我在分析我的生存数据集时遇到了问题。我将把dataset的dput输出放在github链接中，以避免污染这个问题。

这是数据https://gist.github.com/anonymous/4fdff1c6d0853c41939e2a67d9e0e45b

在这个数据集中，我想为每个组绘制生存曲线图，所以我需要建立一个survfit()模型。

变量W1，W2，..，W43表示周数，数字表示某种度量。当我在任何一周中有一个点.时，这意味着那个人在那一周死了，因此接下来的每周都会被点.标记。

在一个生存模型中，这个死亡代表了一个事件(失败)，如果个体在所有的周内生存，他代表一个被审查的数据。

为了像我知道的那样建立一个生存模型，我需要像下面这样的数据

time=c(3,4,8,8,5,2)
event=c(1,1,0,0,1,1)

在这种情况下，时间代表死亡时间(以周为单位)，事件为1(如果死亡)，0(如果被审查)。

编辑：--我想出了一个可能的解决方案，但我不知道如何才能做到。这个想法如下

( 1)取所有列W1、W2、.、W43和put 1(如果是a数)和0(如果是点. )

2)创建一个表示时间的新变量，该变量的值将是W1到W43列的总和，因此它将是W1+W2+...+W43。

3)创建一个表示事件的新变量，如果time=43 --这意味着该个体始终存活，那么它将为0(审查)，如果小于43，则表示该个体死亡，则该变量为1。

有人能帮我吗？

Answer 1

我将您的dataset命名为sdat，这些操作添加了另外两个列：

sdat$time= apply(sdat[ ,grepl("W", names(sdat))], 1 , #work by rows on "W"-columns
                    function(r) which( r==".")[1] )  # seq-number of first "."
sdat$event <- as.numeric( !is.na(sdat$time) ) # convert NA's to logical and to 1,0
sdat$time= ifelse( is.na(sdat$time) , 43, sdat$time) # set time to 43 for survivors

 # Check results
 head( sdat[ , !grepl("W", names(sdat))] ) # remove "W" cols
  Group Ref Sex  M1   M2 M3  M4 time event
1    11   4   1 959 1940 10 184   23     1
2    11   4   1 960 1770 10 189   31     1
3    11   4   1 961 1970 10 166   23     1
4    11   4   1 962 1870  1 180   43     0
5    11   4   1 964 1780 11 239   43     0
6    12   4   1 966 1980 11 182   43     1

作为一名分析师，我会问，在导致死亡的“W”型-numbers上附加什么含义，但这不是你的问题。