run.jags数据搜索环境

Question

在任何带有数据块和data=参数的模型中，我都会从data=()中得到一些违反直觉的行为。对于实际的模型，它似乎使用了run.jags的数据参数，但是在环境中搜索数据块中使用的任何内容。下面是一个非常简单的模型的示例：

data {
    ylen <- length(y)
}
model {
    for (i in 1:ylen) {
        y[i] ~ dnorm(mu,1)
    }
    mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

如果像这样运行它，就会得到一个错误：

> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Error: The following error was obtained while attempting to parse the data:
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'y' not found

但是，如果我在调用环境中创建一个变量"y“，就会使用它，但是以一种非常奇怪的方式使用：

> y<-c(-1,-1,-1)
> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Compiling rjags model...
Calling the simulation using the rjags method...
Note: the model did not require adaptation
Burning in the model for 4000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Running the model for 10000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Simulation complete
Calculating summary statistics...
Note: The monitored variable 'ylen' appears to be non-stochastic; it will not be included
in the convergence diagnostic
Calculating the Gelman-Rubin statistic for 2 variables....
Finished running the simulation

JAGS model summary statistics from 20000 samples (chains = 2; adapt+burnin = 5000):

     Lower95 Median Upper95   Mean      SD Mode     MCerr MC%ofSD SSeff AC.10   psrf
ylen       3      3       3      3       0    3        --      --    --    --     --
mu    3.8339 4.9742  6.0987 4.9747 0.57625   -- 0.0040089     0.7 20661 0.011 1.0001

因此，您可以看到，它似乎从调用环境中使用y来计算长度，到达3，但使用数据列表中的y值来表示实际数据，即到达mu=5。

如果我使用rjags，它会像我预期的那样工作，使用data=参数来处理实际模型和数据块中派生变量的计算。

这是runjags中的一个bug吗？如何使用data=参数对run.jags()进行数据块中的计算？

我在runjags_2.0.3-2和runjags_2.0.4-2上尝试了这一点。

Answer 1

是的，这是runjags中的一个bug，由于您的清晰和可复制的示例，下一个版本将对此进行修复！问题的根源在于试图保持与BUGS模型文本的兼容性，该模型文本可以包含一个数据列表(这与JAGS使用的数据块不同)。

同时，可能的解决办法是计算R中的ylen并将其传递给数据列表中的JAGS (也请参阅模型本身的#data#构造)，或者在模型中直接使用length(y)，例如：

model {
for (i in 1:length(y)) {
    y[i] ~ dnorm(mu,1)
}
mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

希望能帮上忙

哑光