GDCM库无法读取C#中的dicom文件

Question

我尝试使用以下代码使用GDCM库读取DICOM文件：

gdcm.ImageReader imagereader = new gdcm.ImageReader();
imagereader.SetFileName(@"E:\sample_success.dcm");
if (!imagereader.Read()) throw new Exception("Cannot read dicom file!");

对于"sample_success.dcm“文件，我可以很好地读取该文件(success.png)。但是使用"sample_failed.dcm“文件，GDCM会抛出异常，因为它无法读取它。我试图使用其他DICOM查看器(如Radiant )打开该文件，它成功了。我的GDCM有什么问题吗？为什么它看不懂？

我使用GDCM 2.6.5。请找到两个样本这里。

Answer 1

您的文件在偏移量0x1480aa之后(在Pixel属性中的某个位置)包含垃圾(一堆二进制0)。如果没有正确地报告错误，您希望从工具包中得到什么？

通过设计，GDCM仍然会加载它所能做的任何事情，直到出错。因此，如果删除代码中的new Exception，就可以决定(例如)将imagereader.GetFile()传递给gdcm::Writer，并将文件重写为干净的DICOM。

顺便提一句，我无法访问Radiant软件，但我发现在这种情况下它没有指出错误是非常奇怪的。

我已经与DCMTK和dicom3tools联系过了，它们都报告了一个解析问题。

使用gdcm命令行工具，您几乎可以使用以下方法重写文件：

$ gdcmconv -I sample_failed.dcm sample_failed_correct.dcm

由于输入数据集无效，GDCM (错误地)相信可以看到属性，因此可以使用以下方法删除它：

$ gdcmanon --dumb --remove 0,0 sample_failed_correct.dcm sample_failed_correct_clean.dcm

然后：

$ gdcminfo sample_failed_correct.dcm 
MediaStorage is 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1 [Ultrasound Multi-frame Image Storage]
TransferSyntax is 1.2.840.10008.1.2.4.50 [JPEG Baseline (Process 1): Default Transfer Syntax for Lossy JPEG 8 Bit Image Compression]
NumberOfDimensions: 3
Dimensions: (800,600,21)
SamplesPerPixel    :3
BitsAllocated      :8
BitsStored         :8
HighBit            :7
PixelRepresentation:0
ScalarType found   :UINT8
PhotometricInterpretation: YBR_FULL_422
PlanarConfiguration: 0
TransferSyntax: 1.2.840.10008.1.2.4.50
Origin: (0,0,0)
Spacing: (0.0106324,0.0106324,1)
DirectionCosines: (1,0,0,0,1,0)
Rescale Intercept/Slope: (0,1)
Orientation Label: AXIAL

它对于像素数据中的片段数是有效的：

$ gdcmdump sample_failed_correct.dcm | grep Item | grep "ff.d8" | wc
     21     126    2856