ppp图中的图例

Question

我正在创建一个基于x-y位置的树的空间地图，使用spatstat包和ppp函数。我已经能够做到这一点，每个点的大小是基于树的直径。我没能做的，我希望在这里找到一些帮助，是创造一个传奇，使我可以展示这些不同的圆圈，也包括6个树种的情节。下面是我正在使用的代码：

df <- subset(plots, plots$spp == "DF")  # Douglas-fir

dfx <- as.numeric(as.character(df$x))
dfy <- as.numeric(as.character(df$y))
dfd <- as.numeric(as.character(df$d))

dfp <- ppp(dfx, dfy, window = owin(c(0, 100), c(0, 100)),
                  unitname=c("metres","metres"), marks = dfd)
par(mar = c(2, 2, 2, 2))                                           
plot(dfp, main = "", cex = 0.8, markscale = 0.04, 
     bg = rgb(0.1,0.9,0.3,0.5), fg = "black")

我对图中的每一个物种都有相似的结构(wh代表西洋参，代码是相同的.)

谢谢!

Answer 1

首先，使用ppp将所有数据收集到一个superimpose对象中。例如，如果您有Douglas dfp和Western whp，那么

  X <- superimpose(DF=dfp, WH=whp)

创建一个点模式X，其中每个点有两个标记值，物种和直径。为了方便起见，请更改标记列名：

  colnames(marks(X)) <- c("diameter", "species")   

接下来，确定直径的地块符号地图(没有绘制任何内容)：

  dmap <- plot(subset(X, select=diameter), do.plot=FALSE)

接下来，为不同的物种选择一组颜色。

  spec <- levels(marks(X)$species)
  scol <- c("red", "blue")
  smap <- symbolmap(inputs=spec, col=scol)

现在用直径比例尺图将这些物种分别绘制成不同的颜色：

  plot(Window(X), main="The main title")
  for(i in seq_along(spec)) {
     sy <- update(dmap, col=scol[i])
     Xi <- subset(X, species==spec[i], select=diameter)
     plot(Xi, add=TRUE, symap=sy)
  }

最后，通过使用dmap等绘制您想要的位置上的两个符号映射smap和plot(dmap, add=TRUE, xlim=..., ylim=...)。

在未来，这将是自动化的，但它还没有实现。