R图重合图

Question

我正在建立一个有多种疾病患者的数据库，并试图创建一个图表，显示这些疾病之间的联系。更具体地说，我想获得以下内容：

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我的数据组织如下：

 mal1 mal2 mal3 etc.
 0    0    1
 1    1    0
 0    1    0 etc.

我根据需要使用以下代码创建数据：

X <- as.matrix(hdat2)
out <- crossprod(X)   
diag(out) <- 0    

我创作的情节是：

out<- melt(out)
out$value[which(out$value==0)]<-NA
g <- ggplot(data.frame(out), aes(Var1, Var2)) + geom_point(aes(size = value), colour = "black") + theme_bw() + xlab("") + ylab("")
g + scale_size_continuous(range=c(2,10))+

因此我得到了这个情节

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，我想隐藏情节的系统部分，我认为这是误导性的(类似于我如何关联矩阵，我可以隐藏系统的一半)。但是，我不知道该怎么做。

有人能帮忙吗？谢谢

Answer 1

第一，一些可重复的数据：

mat <-
  data.frame(
    malA = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.2,0.8))
    , malB = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.3,0.7))
    , malC = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.4,0.6))
    , malD = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.5,0.5))
  )

out <- crossprod(as.matrix(mat))   
diag(out) <- 0

下面是一个仅限于您对使用dplyr感兴趣的一半的示例

toPlotHalf <-
  melt(out) %>%
  mutate_each(funs(factor(.))
              , starts_with("Var")) %>%
  filter(as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2))

ggplot(toPlotHalf
       , aes(Var1, Var2)) +
  geom_point(aes(size = value), colour = "black") +
  theme_bw() + xlab("") + ylab("") +
  scale_size_continuous(range=c(2,10))

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但是，请注意，以这种方式，您的情节将被非常常见的特殊疾病所主导。或者，您也可以显示患有各种疾病的人中有其他疾病的百分比(注意，现在互惠点不一定是相同大小的：

toPlot <-
  prop.table(out, 1) %>%
  melt() %>%
  filter(value > 0)



ggplot(toPlot
       , aes(Var1, Var2)) +
  geom_point(aes(size = value), colour = "black") +
  theme_bw() + xlab("") + ylab("") +
  scale_size_continuous(range=c(2,10))

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