创建生存分析数据集

Question

我试图用R中的生存软件包进行生存分析。

我有这样的数据集，可以用折叠代码创建。

event <- c(1,0,0,1,0,1)
time <-c(8,50,100,200,300, 1)
id <- c(1,2,3,4,5, 6)
sex<-c(1,0,1,0,1,0)
mydat <- data.frame(id, time, event)


library(survival)
library(survminer)
fit<-survfit(Surv(time,event)~sex, mydat)
ggsurvplot(fit, size = 1, # change line size
      #palette = c("#E7B800", "#2E9FDF"), # custom color palette
        conf.int = TRUE, # Add confidence interval
        pval = TRUE, # Add p-value
        risk.table = TRUE, # Add risk table
        risk.table.col = "strata", # Risk table color by groups
 )

然而，mydat本身并不能作为生存分析的输入。

由于输出如下所示

在这里输入图像描述

我希望能提供任何帮助，使之适合使用生存包进行生命分析。

提前谢谢。

Answer 1

我认为您的数据是作为生存分析的输入(一旦sex中的错误得到纠正)，我认为它们只是没有显示您所期望的。

在执行survfit()时，或者在绘制生存图或ggsurv图时，都不会返回错误。这两种方法都反映了您所拥有的数据。

summary(fit)为您的模型匹配返回一个有意义的结果：

summary(fit)
Call: survfit(formula = Surv(time, event) ~ sex, data = mydat)

                sex=0 
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
    1      3       1    0.667   0.272          0.3            1
  200      1       1    0.000     NaN           NA           NA

                sex=1 
        time       n.risk      n.event     survival      std.err lower 95% CI upper 95% CI 
       8.000        3.000        1.000        0.667        0.272        0.300        1.000 

在你的数据中有三个事件，一个在时间1的性行为== 0，一个在时间8的性== 1和一个在时间200的性== 0。这就是图表所显示的。阴影置信区间非常宽，因为你很少观察到。

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