ImageJ:使用生物格式进行调试

Question

我下载了imageJ源代码并导入到Eclipse中。目前，我正在为imageJ开发一个插件，我可以用eclipse上的插件运行imageJ，如果需要的话可以调试。我的问题是，我希望从eclipse中插入imageJ，但是通过加载生物格式阅读器插件，这样就可以打开.lif文件。我如何将这个插件引入imageJ源代码？我尝试在我的项目中向生物格式的.jar文件中添加依赖项，但是它不起作用。

Answer 1

仅仅是为了让谁看到同样的问题：

1. 下载所有源代码：https://github.com/openmicroscopy/bioformats
2. 将文件夹: bioformats-develop\components\bio-formats-plugins\src复制到项目中。
3. 将loci.plugins.LociImporter.java复制到ij.plugin。
4. 删除loci.plugins.LociImporter.java
5. 修改ij.plugin.LociImporter.java并添加arg的行： 公共空运行(String){ DebugTools.enableLogging("INFO")；arg = "location=Local machine windowless=false "；//<-这个.}
6. 修改loci.plugins.in.Importer.java： //导入loci.plugins.LociImporter；//每次导入ij.plugin.LociImporter；//此导入
7. 修改ij.Menus.java： ..。菜单importMenu = getMenu("File>Import"，真)；addPlugInItem(importMenu，“Bio-Format”，"ij.plugin.LociImporter",0，false)；//<-添加这一行.
8. 将bioformats.jar作为外部库添加到项目中。

负责这个项目。现在您可以从文件->导入->生物格式打开.lif。有了这个修改，你将不能做拖放，但你将能够使用这个插件，只要打开这个菜单文件。因为这只使用“导入”，所以只对打开有用。如果您想要有关保存的内容，您应该按照导入时的方式调用loci.plugins.LociExporter("")。(实际上，通过我的修改，我们称之为ij.plugin.LociImporter("location=Local machine windowless=false ")

Answer 2

不要复制源文件，也不要复制JAR文件。您应该管理您的项目依赖关系使用Maven或类似的21世纪构建工具(Gradle也很有效)。根据需要，添加对net.imagej:ij和ome:formats gpl以及其他生物格式工件的依赖。

另请参阅：

• 开发页面 of ImageJ wiki。
• The 最小-ij1-插件示例