加载3D Niftii图像并保存轴位、冠位、矢状位的所有切片？

Question

我有一些脑部核磁共振扫描的3DNiftii数据集(FLAIR，T1，T2，...)。例如，FLAIR扫描是144x512x512，体素大小为1.1，0.5，0.5，我想要从轴向，冠状和矢状图获得2D切片，我将其作为我的CNN的输入。

我想做的是:用nibabel读取.nii文件，将它们保存为Numpy数组，并将轴向、冠状位和矢状位的切片存储为2D-PNG。

我尝试过的：

-Use med2image python库

-wrote自己的带有nibabel，Numpy和image的python脚本

问题:轴向和日冠状图像不知何故在一个方向上拉伸。Sagittal像它应该做的那样工作。

我尝试调试python脚本，并使用Matplotlib显示我得到的数组。

image = nibabel.load(inputfile)
image_array=image.get_fdata()

通过使用以下示例：

plt.imshow(image_array[:,:, 250])
plt.show()

结果发现，数据已经在那里延伸了。

我可以通过以下命令获得所需的输出

header = image.header
sX=header['pixdim'][1]
sY=header['pixdim'][2]
sZ=header['pixdim'][3]
plt.imshow(image_array[:,:, 250],aspect=sX/sZ)

但是当保存我的图像时，我如何应用像"aspect“这样的东西呢？或者有没有可能已经用这样的参数加载了.nii文件，以获得我可以处理的数据？

看起来，当nibabel加载.nii图像时，像素大小没有得到考虑。但不幸的是，我没有办法解决这个问题。

Answer 1

我发现，无论图片是否拉伸，对于训练我的ML模型都没有区别，因为我在数据增强中也是这样做的。在Slicer或MRICroGL中打开漂亮的卷显示卷，正如预期的那样，因为这些程序也考虑到了标题。而且预测也是非常好的(尽管当以某种方式以切片方式保存时，图片是“拉伸的”)。

尽管如此，看拉伸的图片还是让我很恼火，我只是用cv2实现了一些大小调整

def saveSlice(img, fname, path):
    img=numpy.uint8(img*255)
    fout=os.path.join(path, f'{fname}.png')
    img = cv2.resize(img, dsize=(IMAGE_WIDTH, IMAGE_HEIGTH), interpolation=cv2.INTER_LINEAR)
    cv2.imwrite(fout, img)
    print(f'[+] Slice saved: {fout}', end='\r')

结果真的很好，对我来说效果也很好。