如何安排一个草率的热图r

Question

我想要创建一个带有pairwise.wilcox.test结果的p值热图。所以，在做完测试之后，我重塑了结果：

test <- pairwise.wilcox.test(world$mean, world$con, p.adjust.method ="bonferroni",conf.level = 0.95)
test.result <- melt (test[[3]],na.rm=T)

结果如下：

     X1       X2        value
1    europe   africa 7.216273e-20
2  namerica   africa 2.694228e-23
3  samerica   africa 1.001953e-01
4      asia   africa 3.515077e-66
5    europe   europe           NA
6  namerica   europe 6.551144e-02
7  samerica   europe 2.615654e-05
8      asia   europe 2.148064e-09
9    europe namerica           NA
10 namerica namerica           NA
11 samerica namerica 4.894171e-10
12     asia namerica 3.642124e-02
13   europe samerica           NA
14 namerica samerica           NA
15 samerica samerica           NA
16     asia samerica 5.999172e-25

然后运行一个ggplot2脚本来获取热图：

test.result$X1 <- factor(test.result$X1, levels = c("europe", "namerica", "samerica", "asia"))
test.result$X2 <- factor(test.result$X2, levels = c("europe", "namerica", "samerica","asia"))

test.result$value<-cut(test.result$value, breaks=c(-Inf,0.001,0.05,1),right=F)

ggplot(data = test.result, aes(X1, X2, fill = value)) +
  geom_tile(aes(fill=test.result$value),color="white") +
  scale_fill_brewer(palette="Blues",name="p-Val")
  theme_minimal() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, 
                                   size = 12, hjust = 1)) +
  coord_fixed()

结果如下：

​

如你所见，这个图形没有在对角线上排序，有点草率.我不知道如何正确地排列这个数字，以便得到对角线中的所有p值。谢谢你的帮忙

我要找的数字是这样的：

Answer 1

我想这就是你想要的？：

调用数据tr

tr = structure(list(X1 = structure(c(2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 
2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L), .Label = c("asia", "europe", 
"namerica", "samerica"), class = "factor"), X2 = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("africa", 
"europe", "namerica", "samerica"), class = "factor"), value = c(7.216273e-20, 
2.694228e-23, 0.1001953, 3.515077e-66, NA, 0.06551144, 2.615654e-05, 
2.148064e-09, NA, NA, 4.894171e-10, 0.03642124, NA, NA, NA, 5.999172e-25
)), .Names = c("X1", "X2", "value"), class = "data.frame", row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", 
"14", "15", "16"))

Swarch的评论是正确的，因为我们需要有相同的水平/相同的顺序的因素。由于省略了africa，这条评论不太管用。解决办法是：

lev = c("europe", "namerica", "samerica", "asia", "africa")
tr$X1 <- factor(tr$X1, levels = lev)
trX2 <- factor(tr$X2, levels = lev)

我们现在可以做个阴谋了。这里的一些修正

1. 从不在aes()中使用data$column -使用未引号的列名。
2. 如果您在顶部的fill = value调用中指定了ggplot()，则无需为geom_tile()层重复该调用。
3. 您的value似乎是连续的。scale_fill_brewer意味着一个离散的尺度，所以不能在这里使用。没有它似乎很好，但您也可以尝试scale_fill_distiller。
4. 您问题中的代码缺少一个+。

此代码适用于：

ggplot(data = tr, aes(X1, X2, fill = value)) +
    geom_tile(color = "white") +
    theme_minimal() +
    theme(axis.text.x = element_text(
        angle = 45,
        vjust = 1,
        size = 12,
        hjust = 1
    )) +
    coord_fixed()

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还请注意，这里缺少精确的1的对角线(与您的mtcars示例不同)，因为数据中缺少它。也就是说，africa完全不存在于X1中，asia完全不存在于X2中。如果要绘制这些块，则需要使用这些行来增加数据。